第1章放线菌系统分类学概论1
1.1放线菌分类学的发展1
1.2放线菌的多相分类10
1.3如何使用现代技术对放线菌分类19
1.4放线菌新种的命名22
参考文献33
第2章放线菌的形态特征与现代分类基本技术39
2.1放线菌显微观察技术39
2.2放线菌菌种纯化技术52
2.3放线菌的培养技术54
2.4放线菌细胞大小的测定技术55
2.5放线菌的基本形态58
2.6放线菌的培养特征62
2.7放线菌性别判定技术65
2.8放线菌的分离技术66
参考文献68
第3章放线菌生理生化特性分类技术70
3.1生理生化分类技术70
3.2API细菌鉴定系统82
3.3Biolog全自动微生物鉴定系统89
参考文献90
第4章化学分类技术91
4.1细胞壁化学类型91
4.2全细胞水解糖分类技术93
4.3枝菌酸分类技术97
4.4醌组分分类技术102
4.5磷酸类脂分类技术104
4.6脂肪酸组分分类技术108
4.7肽聚糖型分类技术112
参考文献115
第5章基因型分类技术117
5.1放线菌基因组DNA提取117
5.2PCR反应与产物纯化技术118
5.3基因克隆121
5.4凝胶电泳技术123
5.5现代测序技术126
5.616S rRNA基因序列分析130
5.7DNA(G+C)含量测定技术130
5.8DNA杂交技术137
5.9引物设计与菌株的快速鉴别141
5.10多位点序列分析技术152
参考文献157
第6章生物软件在放线菌分类中的应用技术160
6.1序列拼接技术160
6.2Clustal X多序列比对技术175
6.3系统进化树构建技术182
6.4Sequin软件提交序列技术221
参考文献227
第7章放线菌基因组分类技术228
7.1放线菌基因组的特点228
7.2基因组时代放线菌系统分类研究的现状230
7.3新型的用于系统发育分析的基因组特征序列232
7.4Signature Indels和Signature Proteins在放线菌系统发育研究中的应用233
7.5放线菌基因组分类学的展望238
参考文献239
第8章网络在线分类技术242
8.1NCBI 及BLAST的使用242
8.2RDP数据库使用介绍247
8.3EzBioCloud数据库使用介绍251
8.4LPSN网站介绍257
8.5WDCM网站介绍260
8.6BankIt在线提交核酸序列261
参考文献266
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