那个时候，东阿县的县丞王度就受到了声势十分浩大的黄巾起义严重影响，积极主动响应了黄巾军。他放火将仓库烧毁，并且发起叛乱，在东阿地区造成了相当严重的混乱，吓得当地县令翻墙逃跑，谁也不知道县令逃到哪里去了。县令的失踪使得民众们变得更加恐慌，县中很多官吏与百姓都逃到了城东的渠丘山上，程昱一家人也跟着人流来到了渠丘山。因为事情发生得太突然了，大多数逃难的民众都没有来得及准备足够的生活必需品，所以，没过多久，大家陷入了物资匮乏的困境。这个时候，程昱主动站了出来，派人返回城中进行探察。发现王度已经从县城中撤了出去，驻扎在城西五六里的地方。他就与县中的豪族薛房等人商量：“王度占领县城之后却不敢据守，这说明他的实力并不是很可怕，他只不过是想要掠夺一些财物罢了。倘若我们能够将县令找出来，利用东阿县城高墙厚粮食多的有利条件，一起坚守，打败王度一定指日可待。”然而，官吏与百姓们都担心城里不够安全而拒绝回城。
在这样的情况下，程昱想出了一个好办法。他悄悄地派遣数骑在东山上高举着旗帜，专门让官吏与百姓们看到，并且谎称王度的军队前来攻击。程昱这个计谋果然奏效了，官吏与百姓立即一同下山进城了，没用多久，就找到了县令一起守城。后来，王度再次攻城的时候，程昱率领官吏与百姓一起与之对抗，最终击败了他，从此，东阿保住了。
东阿保卫战结束后，程昱的名声就迅速在兖州地区传扬开来。中平六年（189），刚刚担任兖州刺史的刘岱就征召程昱担任州吏，但是却被程昱拒绝了，不过，刘岱不仅没有对程昱的这种举动反感，反而加深了对程昱的印象。
东汉末年，中原地区的局势变得更加混乱。先是董卓趁着外戚和宦官之间争斗的时候，悄悄地进入洛阳，并且成功地控制了朝政。接着是以袁绍、袁术为首的关东军阀组成联军讨伐董卓。
关东联军内部矛盾重重，不仅没有办法形成合力对抗董卓，反而因为争夺各自的利益而自行瓦解了。不仅这样，关东军阀之间还发生了混战。关东联军盟主袁绍对冀州牧韩馥进行威逼，让其让出冀州，从而占领了有着“天下重资”之称的冀州。幽州地区的刘虞与公孙瓒之间也爆发了战争。
与此同时，为了争夺中原地区，公孙瓒又与袁绍展开了一场非常激烈的战争。兖州地区也是一样的，兖州刺史刘岱也因为与东郡太守桥瑁关系不好，．而发兵进行征讨，并且委任心腹王肱为东郡太守，继续巩固自己在兖州的地位。
随着局势逐渐变得更加混乱，中原地区慢慢地形成了以袁绍、曹操为一方，以袁术、公孙瓒为另一方的相互敌对的政治军事同盟。双方相互征讨，各不相让，局势也就更加错综复杂了。因为兖州位于中原地区的腹地，自然就成为了各大割据势力相互争夺的焦点。不管是袁绍、曹操集团还是袁术、公孙瓒集团都想要将兖州掌控在自己的手中。袁绍令自己的妻子儿女在兖州居住，而公孙瓒则派从事范方率领部队进驻兖州境内。与此同时，他还命令范方使用武力要挟刘岱把袁绍的家眷赶出兖州，并且与袁绍断绝关系。对于这两大军事集团的威胁，刘岱采用了在夹缝中求生存、两边谁也不得罪的对策，与袁绍与公孙瓒都进行了通婚。
不过，刘岱的策略很快就被袁绍和公孙瓒识破了，随着两方战事的展开，双方都想要将兖州占为己有，都在对刘岱进行威逼。刘岱一时间吓得六神无主，不知道该怎么办。这个时候，兖州别驾王或提醒刘岱说：“程昱有谋，能断大事。”于是，刘岱立即召见程昱，请求程昱帮他出谋划策。程昱建议刘岱应当站在袁绍那一边，并且准确地预料到“夫公孙瓒，非袁绍之敌也。今虽坏（袁）绍军，然终为绍所禽”的正确结局。
就这样，刘岱选择了袁绍而拒绝了公孙瓒。事态的发展也正像程昱事先所预测的那样，范方要挟刘岱没有成功，被迫灰溜溜地回去复命了，还没有等到范方赶回幽州，袁绍就已经将公孙瓒打得落花流水，兖州自然而然地就失去了来自公孙瓒的强大威胁，刘岱心中感到非常庆幸。为此，刘岱表奏程昱担任骑都尉，但是，程昱再一次拒绝了。
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