新中国成立后，为了促进国民经济的恢复，全国各地整顿水费计收办法，这时，水价的形式是以每亩①征收一定数量的稻谷来支付的。虽然计收方法有差异，收费标准不一，但水费的计收基本上能维持供水设施的维护、管理和运行。到20世纪80年代，随着家庭联产承包经营制度的实施，产生了“水费粮”，此时，水费基本能到位，但仅能勉强维持供水设施的维护、管理和运行。再到20世纪90年代后期，水费的计收在统筹费中一并收取，经常无法到位。后来，取消统筹费后，农民对上缴税费的政策有较为片面的理解，水费计收便进入了一个困难期。即使到现在，农民对每年计收的水费仍有怨言。
目前我国对农业水费的制定和计收存在一些问题。第一，水价普遍偏低，水价制定缺乏合理性、科学性和灵活性，且没有合理的水权转让等机制的配套实施。目前的农业灌溉用水的水价确定有很大的漏洞，且水价制定周期长，调整机制不灵活，水价往往一定就是几年或十几年不变，不能及时反映供求和成本的变化。第二，存在水费的截留和挪用现象，农业用水水费是由乡镇政府代为收取的，由于乡镇的财政收入较少，对水费的截留和挪用现象严重，计收的水费最终不能支付给生态服务提供者，缺乏合理的补偿机制来规范补偿行为。
由此可以看出，农业生产用水水费的计收一直处于尴尬的境地，更不用提其对上游的生态服务提供的补偿。目前，有关农业生产用水对生态服务者补偿的研究非常少，农业用水费用的计收和使用方向等方面尚存在缺陷，尚不存在一个系统的农业生产用水生态补偿机制。因此，本章将尝试确定一个农业用水生态补偿机制，以期对流域的生态补偿起到一定的作用。
4.1.2制定农业用水补偿标准的原则
（1）可持续发展原则
尽管水资源是可再生的，但随着人类活动的加剧，水资源开发利用的速度远远超过水资源的再生速度，必须采取相应的措施对水资源进行保护。因此，上游地区担负起对水源地生态保护的职责，通过投资建设生态林或者是减少水资源的污染等方式，对水源地进行保护，以保证向下游地区提供充足的生态服务。若下游地区农业生产用水主体不能以合理的方式向上游支付补偿费用，就会降低上游地区对生态服务供给的积极性，也将有悖于生态环境的可持续发展原则。因此，为了促进流域的可持续发展，在上游提供生态服务的同时，农业生产用水主体应按一定的方式对上游的生态保护投入进行补偿。
（2）考虑农业用水户的承受能力原则
农业用水补偿标准的确定涉及农业用水户、政府和上游的生态服务供给主体等多方的利益，补偿标准的合理确定，将直接关系到农业发展、农民的利益和国民经济建设的大局，关系到社会的公平和稳定。如果单纯为补偿而补偿，将补偿标准定得太高，将会损害农民的利益，若标准定得太低，将会损伤生态服务提供者对生态保护的积极性。
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