桓玄率大军顺利通过浔阳，不见刘牢之的军队的踪影，桓玄全军都清楚了，刘牢之的部队是不会来攻打自己了。于是率领士气大振的军队迅速拿下了襄城，并击败了司马尚之率领的9000名步兵。此后桓玄做了一件很重要的事情，他派出自己的舅舅何穆去说服刘牢之，刘牢之当即同意投降桓玄。
得知刘牢之投降桓玄的消息后，其子刘敬宣、外甥何无忌及参军刘裕本人大为不满。刘裕看得很清楚，桓玄以下犯上，出师无名，久之必失人心。在动之以情，晓之以理的情况下，刘牢之仍不为所动。刘裕随即决定回家赋闲。
司马元显见调不动刘牢之，只好自己亲自披挂上阵，在宣阳门外，两军还未交战，司马元显的众多士兵不战而逃，司马元显大败被俘。桓玄就这样非常顺利地占领建康。
随后，桓玄的势力更是如日中天。把持朝政的桓玄，立即逮捕了司马元显和张法顺，并且赐死。这个时候桓玄还做了一个很重要的人事调动，他撤了刘牢之北府大营将军的职务，安排他去做会稽内史。
刘敬宣从建康回来，暗中劝刘牢之说：“桓玄已经控制朝政，乱臣贼子，民心不合，现在正是你讨伐他的时候，请速作决定。”然而，此时的刘牢之却没有了主意。刘牢之悄悄地把刘裕找到面前问他，我准备北上和高雅之会合一起反抗桓玄，你和我一起去吗？刘裕昕了刘牢之的话以后，衡量了一下形势，然后说，将军你当初拥有几万精兵本来可以阻止现在这种情况发生的，不过你被桓玄的几句话一说就投降了。此时桓玄大权独揽，天下的人都愿意归附他了。你要去广陵策划谋反，怎么可能会顺利到达呢？
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