究竟各个部门是怎样被纳入到有利或不利的计算价格水平下进行生产的呢？有两种情况。一种是取决于部门的讨价还价地位，即它在计划盘子里的相对重要性，造成有些部门具有较高的处于有利的计算价格待遇下的频率。有些则相反，如农业、能源、交通等基础部门具有作为重工业投入品的地位和价格波及效应强的特征，往往处在不利的计算价格下，因而长期不能摆脱其成为国民经济瓶颈的地位。另一种情况是，对于产业特征比较接近的部门，有着大致相同的处于较有利或不利的计算价格条件的频率，它们在何种状态下进行生产，则取决于计划者对前期结构状况的判断。这类部门的生产能力是根据计划要求（或假设为长期供求均衡状况）形成的。当计划价格有利时，便在较高的边际成本水平上生产，当计算价格不利时，便出现开工不足。两种情况都造成效率的损失。
其次是缺乏竞争，生产效率低下。优先发展重工业就意味着同时实行初级（生活用品）进口替代和次级（机器、设备等）进口替代。当时中国的技术水平尚处于低级阶段，又没有利用自己的资源比较优势，因而国内产品的成本必然很高，缺乏竞争力。为了独立自主地发展工业体系，就要对国内工业实行保护，为此又要付出效率上的代价。一方面许多产品在国内生产所耗费的资源成本，高于这种生产所节省或换取的外汇价值。另一方面，持续的保护使工业部门失去了改进生产力的机会并增大了国民经济的动态成本。其一是国内市场的有限性限制了某些产业利用规模经济；其二是因缺少外部竞争，以及因进入障碍消除了国内竞争，使这些受到保护的部门和企业缺乏创新动力。特别是，当企业和部门的资源完全由计划配置，产品统购包销，生产按指令进行时，它们就不再具有改进效率、提高产品质量的激励。
第三是劳动激励不足。在价格扭曲和缺乏竞争的条件下，企业盈亏不取决于经营好坏。如果给企业自主权，必然会出现企业经理人员和工人侵蚀利润和资产的情况。为了防止侵蚀利润和国有资产，就必须剥夺企业自主权；而取消了自主权，就不能根据工人的努力程度决定工资标准，就必然造成劳动激励不足。劳动激励与劳动奖惩具有正相关的关系。要提高劳动激励，必须实行多劳多得的分配制度。问题是在传统经济体制下，企业没有自主权，无权选择雇用对象，也无权解雇工人，更为棘手的是，在这种体制下，城市职工的报酬是固定的，与个人劳动努力及企业绩效都没有联系，即无论职工个人干多干少还是职工群体干多干少，都不会影响职工个人收入。由于职工个人多劳不能多得，劳动激励必然不足。
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