孩子的乳名让孙毓典费了一番脑子，取名“根吉”，根是扎根，吉是乙酉年即鸡年鸡之谐音。
根吉小时候，顽皮又机灵，玩啥都有点子，是下乔庄有名的“山大王”村里的小厮们都听他的。小伙伴最喜欢的游戏是“官兵捉强盗”根吉照例做将军，指挥手下的兵，分成几路，总能将躲藏的”强盗“捉拿归案。
六岁那年，无拘无束的野马被套上了笼头。孙毓典板起脸对儿子说：
“打明儿起要收收心，送你上私塾识文断字，将来才有出息，做个真将军。爹给你起好了个学名，叫孙传芳，字馨远，往后在外叫大名。”
孙传芳念书很用功，加上天资聪颖，《三字经》、《干字文》、《幼学琼林》、《古文观止》会背会念的不少；只是淘气，哪儿有事准少不了他。先生的戒尺经常打屁股、抽手心，可就是不哭不告饶，先生和同学都夸他“有种”。
孙传芳的大姐出阁，嫁给商河县一富户程云熙家；他的二姐嫁给济南府历城县一个逯姓人家。
孙传芳12岁那年，孙毓典得了一场重病，药石罔效，撒手尘寰。
张氏要强，领着一双儿女撑日子。孙传芳的堂婶母却对他们异常刻薄，稍不顺眼，便指桑骂槐，孤儿寡母经常关起门哭泣；加上1897年山东大旱，日子实在过不下去，张氏带着儿女，去历城逯家投靠二闺女，从此再不回下乔庄住。
若干年后，孙传芳显赫之时，不少人说他是历城人，实际是不了解他的底细。
有的著述中称：“孙传芳的父亲叫孙育典，是按谱名的育、维、永、济起的。又说其父是个秀才，后以私塾教书。”这只是一种说法。那个特定的时代，有些人出身低微，发迹以后，便要去找一个有名的古人来做自己的祖宗，并大修族谱，这种出钱修的族谱，多有水分。1936年，泰安大陆印刷局出版了严丹卿所著《心斋文集》一书。严与孙传芳是泰安同乡，对其知根知底。该文集中说：
“吴孚威（即吴佩孚，山东蓬莱人，封孚威将军）与某巨公论世系，孚威自其父溯至鼻祖，知之详而言之切；某巨公甚至不知其高曾字讳，而始祖更无论矣。孚威哂之！某巨公大惭，退而出巨金为修谱牒。经营数载，半途而废。夫以某巨公之雄才大略，何事不济，乃修谱数册竟如是之难，良可慨矣！”
这里的某巨公，系指孙传芳。可见，所谓孙氏族谱，是值得推敲的。
故孙传芳自己也承认“其先潜德弗彰”之语。
孙传芳亦是爱慕虚荣之人，在保定军校时，同学杨文恺问他是哪里人，他一直说是历城人，而讳泰安人。但正是他幼年的经历，对日后的发展有很大的影响，尤其是孙传芳幼年当将军的梦想，是使他青年时代投身军旅的直接动因。
“王胖子”的小舅子
孙传芳随母亲到了历城，在二姐家住下。俗话说：救急不救穷。日子一长，半大小子，吃死老子，虽然是亲戚，也常常鼻子不是鼻子，脸不是脸。孙大娘人前说好话，赔笑脸，背地里常常搂着传芳流泪，说：“儿啊，在人屋檐下，怎能不低头。今后要多看别人的脸色，学聪明点，省得让人不待见。”为了不让娘伤心，少年孙传芳倔强刚毅的性格中，添进察言观色，讨好、拍马屁的习气，这都是苦难的生活经历给他打上无奈的烙印。世态炎凉，即使再小心谨慎，还是被人瞧不起。于是，孙大娘便带着儿女去商河县大姐家住一段。孙传芳渐渐大了，人很机灵，又不偷懒，大姐夫对他们母子还算过得去。孙大娘教育儿子：“受人滴水之恩，当涌泉相报。”孙传芳一直铭记在心。后来官做大了，一直将大姐的儿子，他的外甥程登科带在身边。当五省联军总司令时，把军需处处长的肥缺，给了程登科，就是报答当年的收养之恩。
孙传芳到商河的时候，正是甲午战败后。清廷痛定思痛，整军肃武，决心编练一支能抵御外侮的新式军队。
北洋军阀的开山祖袁世凯在离天津70里的新农镇编练新军。天津武备学堂总办荫昌给袁世凯推荐了几个武备学堂的毕业生，如：王士珍、段祺瑞、冯国璋、梁华殿。另有毅军统领宋庆推荐王英楷到袁世凯帐下。
王英楷，字绍宸，辽宁海城人，附生出身。其人身高体胖，人称“王胖子”。少年倜傥，有大志，曾设帐收徒，讲习时务。1894年，中日甲午战争爆发，日军越过鸭绿江，向辽东进攻。王英楷在海城组织团练，抵御日军，曾与毅军宋庆协同作战。在田庄台战斗中，英勇杀敌，掩护宋庆撤退，并负重伤，为宋庆所赏识。1895年经宋庆推荐，进入袁世凯新建陆军。
新建陆军的领导机构为督练处，下设参谋、督操、执法三个营务处。
王士珍任督操营务处帮办兼讲武堂总教习．，冯国璋任督操营务处帮办兼步兵学堂监督，段祺瑞任炮兵营管带兼炮兵学堂监督；王英楷任执法营务处总务。当时他与“北洋三杰”段祺瑞、冯国璋、王士珍是平起平坐的。
1899年秋，义和团运动在山东兴起，农村中到处是红巾或黄巾扎头的团众。山东巡抚毓贤上奏朝廷：“查东省民风素强，民俗尤厚。际此时艰日亟，当以固结民心为要图。”要求对义和团实行羁縻，改剿为抚。义和团便在山东境内迅速蔓延。这一来，引起各国的抗议。此时，袁世凯率新建陆军（又称武卫右军）到山东会操，清廷便派袁世凯为山东巡抚，令其绥靖地方，镇压义和团。
商河县是义和团活跃之区，大军一到，必起兵祸。孙大娘便领着儿女避祸济南，生活又陷于困境。
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