一、《明清东南海岛史料选编》是区域性历史资料选编，编者从明清地方志及部分著述中，将有关史料辑出，编次而成。
二、《明清东南海岛史料选编》所收史料的地域范围，是东南沿海的大、中型海岛及地理位置相对重要者。编排顺序从北到南，从崇明岛至海南岛。
三、《明清东南海岛史料选编》是根据研究需要收集，删节之处以省略号标示。史料分为地理、军事、社会、经济、文化五大部分。
四、以海岛为单位，按原地方志的顺序编排。编者将史料点校、分段，为了避免繁琐，尽量不用引号。
五、原史料有误处：凡遇讹字，或在讹字？（）内填写正字，或予以说明。凡遇缺字，在（）内补足。凡遇异体字，一律改为规范字．有歧义或费解之处，在（）中予以说明。
六、原地方志中的计量单位过于零碎的，或四舍五人，或忽略以“有奇”代之。
七、原史料用宋体字，编者的注释、分析或评述、统计用楷体字。
八、《明清东南海岛史料选编》收录的是目前未见标点的史料。
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