第二，针对重大工程实施建设条件，《通知》明确要求，要坚持科学论证。与前期已在全国范围广泛开展的一般土地开发整理项目相比，重大工程具有规模大、投资多、周期长、风险高、区域影响强烈等特点，科学、合理、切实地开展重大工程可行性研究、水资源保障程度、生态环境承载力等实施前的评估论证，充分考虑水资源和生态环境等多种影响因素，科学进行决策分析尤为重要，是实现重大工程目标的基础和先决条件。
第三，为更好地发挥中央资金引导带动作用，强化资金整合效益，《通知》明确要求坚持集中投入，切实加强配套工程建设，落实配套资金。农村土地整治重大工程的实施要以科学发展观为统领，充分发挥中央资金引导带动作用，集中统筹使用新增费。中央分配给各省的新增费和省级留成的新增费，由省级国土和财政部门集中统一安排使用，优先投向中央支持的土地整治重大工程。同时，以中央安排重大工程新增费为引导，整合中央分配给地方的新增费、地方留成新增费、用于农业开发的土地出让收入、耕地开垦费、土地复垦费以及农业、林业、水利、环境、交通等相关部门的涉农资金，按照“渠道不乱、用途不变、统筹安排、各计其效”的原则，专账管理，集中投向土地整治重大工程建设，切实提高各项资金综合使用效益。
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