动物的免疫应答也是一个重要的参数，即使机体产生了高滴度抗体，也不一定表明该抗原具有较高的保护性，但疫苗的保护率通常与抗体滴度有关。在研究混合使用多种抗原时产生的免疫干扰现象，以及分析佐剂的作用时，抗体滴度也是重要评价指标之一。在反向疫苗学研究过程中，首先单独检测每种抗原，然后在第二阶段再检测一些保护性最好的抗原组合所制备疫苗的免疫保护率。一般来说，混合抗原比单一抗原的免疫保护率更高，但有些抗原结合在一起时会产生不利影响，其机理目前还不是十分清楚。我们可以分别测定机体接种单一抗原和混合抗原后所产生的抗体滴度，理想的情况是，混合抗原免疫中的每个抗原所引起的抗体滴度不会降低，并可获得更好的保护效果，然而结果并非如此，有时可观察到混合抗原的保护功能低于单个抗原。实际上，我们有时用保护率都很高的混合抗原去免疫机体或者同时用保护率都很低的混合抗原免疫机体，发现前者产生的保护作用反而更差，这种现象的机制目前还不清楚，不过有可能是一些蛋白质的相互作用遮蔽了彼此的保护性抗原表位，或者是一些抗原具有一定的免疫主导地位，从而降低了其他抗原引发的免疫应答强度。根据单个抗原的免疫保护作用设计混合抗原疫苗尚缺乏可靠有力的标准，因此，在最近的动物试验中使用了一种参考多因素选择的替代方法。我们不仅要关注单个抗原最好的保护性数据，更要考虑候选疫苗的各个方面，特别是设计的抗原组合应在抗流行性毒株方面具有广谱性，候选疫苗能包括菌株的重要功能靶位，并能有效预防各种临床症状的出现。满足上述疫苗标准的一个措施是使用有互补性的抗原，如果一个抗原可对菌株A和菌株B提供保护，那么我们就想要在疫苗中再增加一个抗原以抗菌株C和菌株D，这种疫苗研制方法也称为疾病覆盖。如果一个病原体与多种不同的临床症状有关，那么很有可能是多种毒力因子参与致病。另一方面是疫苗免疫保护机制的研究，表面蛋白的保护机制通常是建立在抗体介导的免疫保护作用基础上，而与分泌因子有关的保护机制目前还不清楚，对于可分泌毒素细菌的疫苗，保护机制可能是特异性抗体介导的毒素失活，因此，为了能直接杀死病原体并抑制毒性，我们可以在疫苗配制中同时加入菌体的表面蛋白和分泌蛋白。
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