屯垦制度是我国这样一个多民族国家治理边疆、维护稳定的一项特殊制度，是经过两千多年的屯垦实践检验、并在实践中不断发展和完善的综合性制度，其制度结构与绩效直接关乎边疆稳定和国家安全。《新中国时期与清代新疆屯垦制度的比较研究》综合运用新历史学、政治学、新制度经济学及制度比较分析的研究方法，将边疆实际、历史经验与屯垦特殊性相结合，比较新中国时期与清代新疆屯垦行政管理制度、组织制度、产权制度的异同，总结经验与启示，并以史为鉴，探索当前新时期新疆屯垦制度的创新，以期更好地发展和完善屯垦制度，加强边疆治理，维护边疆稳定，实现国家安全和民族融合。
《新中国时期与清代新疆屯垦制度的比较研究》遵循“提出问题一理论借鉴一构建框架～实证分析一解决问题”的技术路线，全文共分为7章：第1章导论，阐述研究目的、研究意义及文献回顾；第2章概述研究的理论工具，提出本书的分析框架；第3章至第5章分别对比分析新中国时期与清代新疆屯垦行政管理制度、屯垦组织制度、屯垦产权制度的异同，得出经验与启示；第6章基于历史借鉴探讨新时期屯垦制度的创新与对策建议；第7章总结研究的主要结论与不足。
本书的主要研究结论如下：
（1）基于屯垦的内涵和理论基础构建屯垦制度的理论分析框架：屯垦制度由宏观层面的管理制度、中观层面的组织制度、微观层面的产权制度构成，管理制度包含行政管理体制、财政制度、人事制度等内容，组织制度包括屯垦组织形式、屯垦人员的来源与管理等内容，产权制度包括土地制度、其他生产资料制度和收入分配制度等内容。结合新中国时期与清代新疆屯垦制度内容的特点，确定本书的分析框架：从屯垦行政管理制度、组织制度和产权制度三个层面对比分析。
（2）新中国时期与清代新疆屯垦在行政管理制度方面，制度设计都是自上而下的国家行为；屯垦管理与军政管理相融合，以军政合一为主要形式。但清代新疆屯垦各职能在中央行政层面都有对口管理部门，地方屯垦由伊犁将军或新疆巡抚独立负责，不同的地方屯垦组织归属不同的地方行政管理体制；而新中国时期在兵团计划单列以前由农业部对口管辖，屯垦事务受自治区和农业部双重领导，缺乏独立性，地方行政管理体制单一，即兵团、师、团三级管理体制。从中总结新疆屯垦行政管理制度发展的经验与启示：中央行政各部对口管理有助于屯垦事务的上传下达；地方行政管理机构应地位明确，责权利清晰；坚持真正意义上的军政合一；因地制宜地实施地方性管理体制。
（3）在组织制度方面，新中国时期与清代屯垦组织形式的变迁都趋于民屯化；屯垦人员多来自国家有计划的移民和自发移民。但屯垦组织形式的类型有差异，清代新疆屯垦组织形式在同一时期并存着兵屯、民屯、回屯、犯屯、旗屯等多种形式，各类组织形式在清代基本没有变化，而新中国时期新疆屯垦在某一发展阶段组织形式是单一的，长期而言是不断发展变化的；清代新疆屯垦人员存在着疆内有组织的大规模流动，不同于新中国时期新疆屯垦人员的流动特征。从中总结新疆屯垦组织制度发展的经验与启示：完备的屯垦组织制度，按劳动者的不同分别组织经营，能够充分发挥各类人员的优势，提高效率；高度组织、裁撤灵活的兵屯是保障边疆稳定不可或缺的重要因素；民屯是推动边疆农业经济发展的最大动力，但需要一定的组织力度和控制强度；屯垦人员的数量保障是边疆稳定和发展的必要条件。
（4）在产权制度方面，新中国时期与清代的新疆屯垦实践体现并证明了农地经营权的私有化是最有效的；两个时期收入分配制度的变革方向都是按劳分配。由于基本政治制度和组织制度等方面的差异，清代新疆屯垦产权制度在同一时期是多元的，某一特定的产权制度是相对稳定的，而新中国时期的产权制度是单一的、不断发展变化的；两个时期基本经济制度的差异决定了产权制度内容的不同。从中总结新疆屯垦产权制度发展的经验与启示：屯垦产权制度明晰，界定明确，在促进农业发展和屯垦戍边等方面作用突出；土地经营权和收益权明晰是屯垦经济发展的关键；实行对屯垦管理者的奖惩制度，有利于提高屯垦效率；产权制度创新是屯垦经济长盛不衰的根本保障。
（5）新时期新疆屯垦制度有效实现了戍边政治使命，但政治灵敏度有所下降；在经济方面为建设边疆做出了突出的贡献，使兵团农业基础地位日益提高，以农副产品加工为主业的工业现代化程度逐步增强，社会事业全面发展，人民物质文化生活水平显著提高。但新疆屯垦制度的瓶颈日益凸显，存在着诸多缺陷：行政管理制度方面，中央行政管理结构缺乏统一性，地方行政机构灵活性较差，地方行政职能不完备，屯垦机构法律地位不明确；组织制度方面，组织制度过于僵硬，存在多重委托代理问题，组织形式较单一，屯垦人员稳定机制缺乏；产权制度方面，土地经营权有待进一步明晰，土地收益分配制度不健全。
（6）新时期新疆屯垦制度应坚持“稳中求变”的创新原则，国家作为制度供给的第一主体，应从戍边专项支出计划单列、明确屯垦组织法律地位、科学界定行政事权与财权、推进管理制度变革等角度，加大政策投入力度；同时，新疆屯垦组织内部也应以屯垦职能细分为依据加强市场化改革，加速产业发展和结构调整，加强兵地有益合作的制度建设，用活各项优惠政策，把屯垦制度创新和完善当做一个长期任务坚持不懈。
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