《民间非营利组织审计实务操作指南》共八章。第一章，简要概述了民间非营利组织行业特征、发展现状以及注册会计师所涉主要审计业务；第二章，以基金会年报审计为例，详细介绍了民间非营利组织审计实务及注意事项，包括特殊审计流程、特殊审计程序以及审计工作底稿实务操作；第三章及第四章，以基金会为例，介绍民间非营利组织离任及换届审计、专项审计实务中的特殊考虑；第五章至第七章，介绍社会团体、民办非企业单位、境外非营利组织代表机构在审计过程中常见的问题和特殊审计风险及应对策略；第八章，分类列明民间非营利组织审计所涉法规。

第一章  民间非营利组织审计业务概述
一、民间非营利组织的概念、范围及特征
二、民间非营利组织的行业概述及发展现状
三、民间非营利组织主要审计业务类型概述
四、民间非营利组织其他相关服务概述

第二章  基金会年度审计操作实务
一、年度审计业务流程
二、初步业务活动
三、计划审计工作
四、风险评估
五、了解内部控制
六、控制测试
七、实质性测试
八、特殊项目
九、完成阶段
十、审计报告
十一、基金会年报审计工作底稿的整理

第三章  基金会离任审计和换届审计操作实务
一、基金会离任审计和换届审计业务流程
二、基金会离任审计和换届审计相关底稿
三、基金会离任审计和换届审计报告

第四章  基金会专项审计操作实务
一、基金会专项审计业务流程
二、专项审计报告及参考格式

第五章  社会团体审计的特殊考虑
一、初步业务活动
二、计划审计工作
三、风险评估
四、了解内部控制
五、进一步审计程序

第六章  民办非企业单位审计的特殊考虑
一、财务报告编制基础的审计
二、收入的审计
三、成本的审计
四、固定资产的审计
五、应交税金的审计
六、审计报告

第七章  境外非营利组织代表机构审计的特殊考虑
一、境外非营利组织代表机构概述
二、境外非营利组织代表机构的特点
三、境外非营利组织代表机构的审计风险

第八章  民间非营利组织审计所涉主要法规
一、民间非营利组织审计通用法规
二、基金会审计所涉相关法规
三、社会团体审计所涉相关法规
四、民办非企业单位审计所涉相关法规