杭州基督教青年会设有理事会、干事部、社区服务部、体育部、专修学校、招待所等机构。理事会是基本会员代表大会的执行机构，在基本会员代表大会闭会期间领导青年会开展日常工作，对基本会员大会负责。理事会有正副理事长、理事、顾问等。其中理事长1人，副理事长1-2人，经协商提名，由全体理事选举产生，理事长必须是基督徒。理事会的主要职责是：在基本会员大会闭会期间，贯彻大会决议；审议总干事提名和副总干事人选，聘请总干事，这意味着“领导人和团体的行政班子依照团体自己的制度任命，而不像不自主的团体由外人任命的那样（不管任命是如何进行的）。”
理事会参与制定青年会的工作目标及方向，制定政策并引导青年会正常运作；审议通过青年会年度报告，指导和监督会所各项工作的执行；监督和维护会所财务正常运作，参与和筹措会所财务资源：决定下属机构的设置和撤销，领导下属机构工作，决定或批准下属机构负责人任免；批准吸收和开除会员会籍。理事会每届任期五年，理事会会长缺席时，由副会长代理。理事会会长、副会长及理事可连选连任，理事会会长连任不得超出两届。理事会的成员需要缴纳会费，并且基督徒人数不得少于理事总数的2/3。
干事部设总干事1人，副总干事1~2人，总干事人选由理事会提名、任免，报主管部门备案。总干事人选必须是基督教徒，副总干事人选由总干事提名，经理事会审议批准。总干事主持开展干事部日常工作，根据基本会员大会通过的工作方针，参与制定工作规划，开展各项事工，总干事必须参加理事会会议，定期向理事会报告，听取意见，改进工作。干事部设有社区服务部、事工部、体育部、专修学校、招待所、办公室、财务室、基建办等办事机构，其组织体系及治理结构可用图1来表示。
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