焦点转向寻找致病物质
由于人们至少已经明白这种病是一种中毒症，于是努力的焦点就转向寻找致病物质。研究基地也因此而转到了大学实验室。与最广义的流行病学不同，现在的流行病研究将集中探讨因果关系。如果继续按初期阶段的思路进行流行病学调查，或者继续调查受污染地区居民在临床上展现的健康损害的话，日后的水俣病研究肯定会走上另一条道路。但是，在当时继续进行这种研究在被称为氮肥厂的城下町的水俣几乎没有可能。由于受到因原因不明而企图逃避责任的氮肥厂和行政当局的阻挠，熊大医学研究小组被迫视探究因果关系为自己的至上使命，同时认为这是能够救济患者的唯一办法。
昭和三十二年二月二十六日，第二次水俣病医学研究报告会开幕。厚生省的研究和前面述及的公共卫生院提出的联合调查都得出结论，认为有必要在水俣禁止捕鱼。但是，因为没有确定特有的致病物质，禁止捕鱼在法律上站不住脚。（食品卫生法第四款第二条规定，如果致病物质不确定，就不能禁止捕鱼。）因此，只能选择出台一个强力建议的政策。政府出台了一项奇特指南，建议可以捕鱼但不应该吃鱼。如果采取强行禁止的措施，政府就必须对渔民进行赔偿。
其实，早在昭和三十一年十二月，熊大的喜田村教授就发现，从别的地方带到水俣湾进行短期饲养的鱼和那些临时在湾内洄游的鱼都迅速染上了毒性，这有力地证明水俣湾具有很强的毒性。但行政当局完全无视这些研究成果。这清楚地反映了氮肥厂和政府的态度。氮肥厂虽然知道排污致病，但在没有确定特殊的致病物质之前，不愿承担任何责任。政府也清楚危害的严重性，但只要致病原因没有确定，就若无其事，什么都不做。这种态度才是导致公害发生并扩大的元凶。
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