李阳波从1969年开始研究张仲景《伤寒论》，直至1986年1月29日，经历了17年才将张仲景“五苓散”的来龙去脉搞清楚，并完成《伤寒论》的注释。
李阳波在注释《伤寒论》的过程中，发现张仲景著书过程中运用了“运气学理论”，并将其发挥得淋漓尽致。同时，他发现历代中医大师们在研读《伤寒论》时，之所以没能作出全面而正确的注释，是因为他们均被“运气学说”里阴阳术数构造体系的魔变性所吞没，难怪清代医学家叶霖感叹：“运气之学，白首难穷！”
李阳波在发现张仲景的《伤寒论》是运气学理论的具体应用后，认为只有彻底搞清楚运气学理论，才能全面而正确地注释《伤寒论》。岐伯天师将奇门、六壬、太乙风角、九宫诸式合治为一，成运气学说，仲圣复将运气学说裁为六经之辨。国粹博大精深，其根基在于神明奇器，苟不能摒绝后学，精一神明，化身奇器，非可谓导人于登峰造极，直可指诱人于欺世盗名也！《内经》重谈理论，强调规矩之道，而仲圣首次为理论规矩如何具体应用到临床上作出了示范。《伤寒论》主要谈方剂的应用，而仲圣的示范作用就在于：每个方剂的使用都体现了阴阳术数构造体系的理论。李阳波对《伤寒论》的112条原文都一一进行了药与病的图像表达，建立了药图、命图、病图、时图，通过这个方法的训练，能够使我们加深对《伤寒论》的理解，更重要的是了解并熟悉阴阳术数这样一个基本的思想方法，对于中医学习是必不可少的。李阳波在注释张仲景的《伤寒论》时，只是完成了部分注释，他希望读者能用他的方式方法完成自己的注释，从而加深对《伤寒论》的理解及应用。
李阳波在研究《老子》、《周易》、《内经》过程中，发现了圣人们是如何进行思辨的，从而建立了“阴阳术数构造体系”的方法论，在对易、道、医等相关概念的研究过程中建立了“宇宙生物观”的认识论。在这种观念的指导下，对太极、河图、洛书作出了一种还原性的解释，产生了“时相”这个新的概念，它包容了传统文化里的相关概念，也包容了现代科学里的一个基本思想，这个思想是：一个守恒量是跟一个相位因子不变性密切相关的。李阳波认为，《伤寒论》是“时相医学”的经典之作。近2000年来真正通晓仲圣“神机妙算”的，唯有李阳波！
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