FEMA的总部设在华盛顿特区，总署设署长办公室、总顾问办公室、国家紧急准备办公室、国家安全协调办公室、公民使团办公室、平等权利办公室和监察长办公室。署长办公室下设7个机构，即：应急准备与复原局（联邦协调官员处），内设应急处、复原处、行政处;联邦保险与减灾局，内设灾害地点测定处、工程科技处、减灾计划与传送处、规划财务和产业关系处、风险信息传送处、索赔、谅解与保险运营处;联邦消防管理局，内设国家消防研究院、国家消防规划处、国家消防数据中心、支持服务处、培训处和城市搜索救援队;外部事务局，内设国会与政府间事务处、公共事务处和国际事务处;信息技术服务局，内设信息与资源管理处、企业经营处和系统规划与开发处;管理和资源规划局，内设人力资源处、财务与采购管理处、设施管理与服务处和气候紧急运营处;地区协调局，负责协调在华盛顿、纽约、芝加哥等城市设立的数个地区办公室的行动。FEMA负责重特大紧急事件的响应，一般紧急事件则由9.11城市应急中心指挥、协调和响应。
9.11事件后，美国政府于2002年根据《2002年国土安全法》成立了“国土安全部（U.S. Department of Homeland Security）”，把FEMA及许多相关部门聚集在此部之下，力求解决国家重大国土安全问题。调整涉及23个原政府机构：
（1）由国家基础设施保护中心（原属联邦调查局）、国家通信系统局（原属国防部）、关键基础设施确保办公室（原属商务部）、计算机安全分会（原属国家标准与技术协会）、国家基础设施建模与分析中心（原属能源部）、联邦计算机事故反应中心（原属总务管理局）组成信息分析与基础设施保护分部，其职责是设立情报与威胁分析机构，对中情局、联邦调查局收集到的信息进行分析和判断，制定相关法律。
（2）由民间生化防护研究计划局（原属卫生与公众服务部）、劳伦斯·利弗莫尔国家实验室（部分）（原属能源部）、国家生物武器防务分析中心（新组建）、普拉姆岛动物疾病中心（原属农业部）组成化学、生物、放射与核对抗措施分部，其职能是负责集合顶尖科学家，发展监测生物、化学、辐射及核子武器的技术，防止恐怖分子攻击，开发相关医疗产品和技术。
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