从政策角度来看，预算制度中有许多负责制定和实施政策的主体。但是，立法和行政部门之间存在根本分歧。立法部门由经过选举产生且代表选民偏好的政治家组成，负责签署政策、授权政策行动，随后交由行政机构负责实施这些政策。然而，现实通常比这张图复杂得多。在一些体系（例如美国）中，立法机关在政策制定方面更加积极主动；而在另一些系统中，独立的财政委员会（例如英国的预算责任办公室）最近也开始发挥作用（见第38章）。在负责政策执行的行政部门内部也存在不同角色。中央政策制定者，通常是由部长组成的核心委员会（内阁），制定作为预算基础的资源决策。中央财政机构，通常是财政部制定预算战略，并且需要向立法部门提交预算计划以供批准，然后监督批准后预算的成功实施。详细的资源规划和政策的实际实施一般由行政部门的分权机构进行，通常是处理不同类别具体政策的有关各部。
因此，在设计任何预算制度时，都存在三种对确保预算流程的政策针对性至关重要的主要制度关系。第一种是政府立法部门和行政部门之间的关系。第二种是中央行政机构（或内阁）与中央财政机构（财政部）之间的关系。第三种是财政部与有关各部之间的关系。在许多情况下，这些关系的设计方式阻碍而非促进预算发挥其作为政策制定和实施的有效工具的作用。
立法部门和行政部门之间的关系
由于法律框架和政府体系的类型不同，各国立法部门享有的权力差异很大。各国的法律框架通常在宪法层面决定了法律赋予立法机关审查和批准、监督，以及（极其重要的）更改行政部门提交的预算草案的权力。因此，这些权力的范围存在很大差异。在一些国家，立法部门可以提交自己的预算，反映其政策优先事项，而无需参考行政部门的预算草案。在另一些国家，立法部门拥有改变预算分配，从而更改政策优先事项的巨大权力，只要预算分配不超过总支出限额就行。还有一些国家，立法机关可以超过总支出限额，只要它可以带来相应的收入增长用以支付差额即可。与这种灵活性相反，许多国家采取的是议会制政体，立法部门只有批准或拒绝预算的权力，而后者通常会迫使政府丧失权力。
因此，对于许多国家而言，政策优先事项需要经过反复和详细的谈判、修订与妥协，这往往会使最终批准的预算的政策内容难以理解。即使年度预算法获得批准，几乎所有体系都允许对其进行通常次数有限的年内修订，这些修订往往代表年内政策优先事项的变化情况。因此，各国预算的事前和事后政策优先事项存在重大差异的情况并不罕见。
内阁与财政部之间的关系
对于政策的制定而言，理想的情况是，内阁和中央财政机构能够充分协调。两者应共同制定预算战略，做出支持预算的财政决策，从而确保政府的政策优先事项可以实现。通常，这种密切的协调并未出现。内阁往往在进行了大量谈判之后共同做出决定。总体预算战略能否保持一致往往取决于总理或财政部长是否有能力对其同事施加纪律约束，并确保整体财政纪律与追求个别部门政策目标之间的协调。在一些政治局势下（如联合政府），这一点会变得更加难以实现。用于顶层政策决策的制度结构也会产生影响。在议会制中，决策是集中制定的，并且财政部无可争议地位列同僚之首，因此实现政策一致性的可能性更大。在没有最高财政权力机关并且预算编制涉及不同机构的国家，这就会变得更加困难。例如在一些发展中国家，除财政部外，还有一个强势的规划部。前者负责经常性预算，后者负责资本预算和更长期的发展规划。这常常导致无法将政策、规划和预算联系起来。①在总统制中，中央财政职能往往是分散的；例如分散在预算办公室、国库以及直接向总统汇报的规划和政策办公室之间——这些部门和机构都对政策制定做出了重大投入。
存在于许多制度安排中的分权现象造成的一个后果就是，预算往往只是模糊或部分界定了政策目标和优先支出领域。在极端情况下，政策目标与所需预算资金之间存在不匹配的情况。这种政策不够明晰的情况常常被不切实际的预算所掩盖，预算做出慷慨但不切实际的财政假设来覆盖商定的政策计划，最终这些计划会面临资源不足的问题。结果逐步削弱整个预算制度的绩效——不可能顺利实施制定不当的预算计划。
财政部与其他各部之间的关系
财政部通常被视为其他各部的促进者与监督者。财政部的任务是确保所需的资源，以便有关各部能够在不破坏经济稳定的水平上实施其部门政策，同时确保资源的使用与预算拨款相符。另一项职能是监督作用，即确保在实现政策目标过程中高效和有效地利用资源，但在许多国家这项职能很少充分发挥。遗憾的是，财政部在履行这些核心职能过程中经常面临冲突，特别是在那些难以准确预测每年资金情况的国家。因此，财政部的优先事项经常与其他各部的优先事项发生冲突。具体而言，在资源未能按原始预算战略计划到位时，财政部可能不得不把重点放在协调支出与可实现的收入水平上，以确保整体财政纪律。预计到这一点，为了给自己更大的灵活性，财政部经常有大量的应急基金或储备金，以便在年内实质性重编预算，但这同时也会破坏正式预算。
资源缺口的规模以及财政部对该缺口的管理程度决定了部门政策的执行情况。遗憾的是，对于许多发展中国家而言，缺口可能非常大，导致政策目标与可用资金不匹配。资金短缺的严重性和不可预测性通常意味着财政部必须采取年内预算削减。这些措施往往是以随意且不可预测的方式进行的，因此扭曲了政策优先事项，损害了政策目标的有效实现。在一些国家，在宏观财政严重失衡期间，财政部被迫进行现金配给，根据资源的可用性逐月甚至以更短的期间释放支出授权和现金支持。在这种情况下，有关各部几乎不可能高效管理其预算或充分执行政策——实际上，财政部已经接管了有关各部的预算管理。在这种情况下，将预算视作政策议程并将预算执行流程作为确保支出用于对这些政策优先事项做出最大贡献的方式就变成了空谈。
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