1.快速发展阶段（1992-2002）
20世纪90年代以后，我国政府认同了市场经济体制，并确立了“小政府、大社会”的改革目标。1993年党的十四届三中全会通过的《关于建立社会主义市场经济体制若干问题的决定》提出，要“发展市场中介组织……发挥行业协会商会等组织的作用”。党的十四届五中全会提出，要“把不应由政府行使的职能逐步转交给企业、市场和中介组织”。在这种背景下，中央对政府管理体制进行了重大变革，这实际上标志着我国社会组织开始了大发展。20世纪90年代中后期以后，我国处于社会经济转型的关键时期，社会组织责无旁贷地要承担起历史赋予的重要使命。总体上，经济体制的转轨和政府职能的转变为民间组织的发展提供了较为宽广的空间。在经过一段时间的调整以后，我国社会团体的发展在90年代中期出现了一个新的高潮。据统计，到1998年底，全国性社会团体达到1800多个，地方性社会团体达到16.56万个。此外，1998年发布的《社会团体登记管理条例》为我国社会团体的发展奠定了新的制度基础，社会团体的发展进入了充实、巩固和提高的新阶段。其中，对社会团体的管理更为严格，例如规定“社会团体应当具备法人条件”，凡“未经批准，擅自开展社会团体筹备活动，或者未经登记，擅自以社会团体名义进行活动，以及被撤销登记的社会团体继续以社会团体名义进行活动的，由登记管理机关予以取缔，没收非法财产；构成犯罪的，依法追究刑事责任”。截至2002年底，全国共登记社会团体13.3万个，比2001年增加了3.1%。其中，全国性及跨省、自治区、直辖市的社团1712个，比2001年增加了25个；省级及省内跨地（市）域活动的社团20069个，比2001年增加了529个；地级及县级以上的社团52386个，比2001年增加了1753个；外国商会15个。
同样，民办非企业单位（现为社会服务机构）作为一种新的社会组织，在改革开放后也得到了蓬勃发展，在各项社会活动中发挥着日益重要的作用。可以说，民办非企业单位的极速发展是20世纪90年代中期以后具有划时代意义的事件。随着市场经济的迅猛发展，公民个人及其他社会力量投资兴办学校、医疗机构、社会福利机构、研究机构等非营利性社会服务组织的积极性迅速高涨。到2001年底，各级民政部门已经在全国范围内对各种类型的民办非企业单位进行了统一登记确认。据民政部提供的资料，此次登记确认的县级以上的民办非企业单位共有近10万家。截至2002年底，全国在民政部门登记的民办非企业单位共有11.1万个，比2001年增加了35.4%。
总体上，自改革开放到2002年，从最初事业单位与政府的关系出现变化，到在改革不断深入的过程中许多领域开始允许民间资金介入，再到民办非企业单位的出现和社会团体的迅速成长等，社会组织获得了空前的发展。当然，在这个阶段，我国各种社会组织在迅速发展的同时也出现了一些问题，如社会组织行政化，官办色彩浓厚；社会组织企业化，以追求利润为目的；社团过多、过滥，与事业单位争夺资源和服务领域，低水平重复设置：行业协会等中介组织的数量和布局不能满足实际需要；政府职能转移不到位；社会组织的法律法规不健全，配套政策不齐备等。这些问题在一定程度上影响和制约了社会组织的健康发展。
2.深化改革阶段（2003-2013）
2003-2013年，随着全国官办社会组织改革的兴起以及民间组织的快速发展，我国社会组织呈现全面快速发展的局面。尤其是随着我国于2001年12月加入WTO，在经济全球化浪潮的推动和世界贸易组织规则的约束下，我国开始进行官办社会团体改革，以促进民办社会团体的发展。在这个阶段，政府不断制定和发布相关文件和通知，促进社会组织的发展。例如，以经济类社团为例，2002年4月，国家经贸委印发《关于加强行业协会规范管理和培育发展工作的通知》，明确要加强行业协会的规范管理和培育发展。2003年10月，党的十六届三中全会《关于完善社会主义市场经济体制若干问题的决定》提出了要“按市场化原则规范和发展各类行业协会、商会等自律性组织”的新要求。2007年5月，国务院办公厅下发《关于加快推进行业协会商会改革和发展的若干意见》，对行业协会治理运行机制、角色和功能、政会关系、管理体制等做了进一步明确阐述，并提出要积极拓展行业协会的职能。2008年2月，党的十七届二中全会通过的《关于深化行政管理体制改革的意见》，又进一步明确提出了行政管理体制改革与行业管理体制改革的基本原则和要求。国家制定和发布的这些文件和通知，对社会组织的改革和发展提出了指导性的意见和原则，促进了社会组织的规范、快速发展。到2008年底，我国登记注册的社会组织总量已接近40万个，比2007年同期增长6.3%，初步形成了门类齐全、层次不同、覆盖广泛的社会组织体系。2008年，汶川大地震及北京奥运会期间，社会组织成功地在公众面前完成了一次集体亮相，以其特有优势发挥了举足轻重的作用。2008年也成为“社会组织元年”。
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