《东京暗鸦02》主要以当代的日本社会为背景，讲述了几名高中阴阳师的成长故事。男主人公土御门春虎出身于阴阳道的名门分家，是个连感应灵气的“见鬼”之才都没有的吊车尾。然而对成为阴阳师什么的一点兴趣都没有、就在乡下做一个普通高中生的春虎，却在某个夏日的一天，遭受到了有史以来最大的灾难——与本家的女儿，也是他的青梅竹马的少女土御门夏目再会了。因为这次再会而发生的某件事件为契机，为成为阴阳师的春虎就此进入了培育阴阳师的学园阴阳塾。一个壮丽奇幻的故事由此展开。
教室中，从四面八方射来了视线，视线，还是视线——充满了好奇心与些微的敌意。同学们的视线让春虎感到有些畏惧。不过——
笨蛋虎！
没有丝毫迷惘的笔直眼神——青梅竹马的少女在注视着自己。看到这样的夏目，春虎恢复了自我。
这里是培育暗鸦们的阴阳师育成机构——阴阳塾。春虎决心成为夏目的式神，而转入了东京的阴阳塾。可是，在那里等待着春虎的是依照“家规”打扮成男生的夏目和对土御门非常冷淡的学生们。同时，咒术界的黑暗势力正盯上了他们?!超越时空的阴×阳奇幻作品，学园篇开始!!
