章太炎对于今、古文两派的看法与取舍，定当为朱希祖所熟知。因此，他在阐释乃师的治学方法时，同样指出了今文经学的不足。而在表彰师说的同时，也就进一步地指出古文经学与现代的“科学方法”有暗合之处。其实，朱氏的这一看法同样是由来有自。
1919年，朱希祖发表了《整理中国最古书籍之方法论》一文，全面的论述了他关于古人治学方法的感观以及对现代学术研究的认识。在文中他说道：“我们中国最古的书籍，就是几部经书。治经的方法，就有两派：一派是今文家，一派是古文家。此二派治学之目的，固是不同，今文家要讲得义理圆满，略似乎外国的历史哲学派；古文家要讲得事实确凿，略似乎外国的考古学派。然而外国历史哲学派与考古学派，不但不相冲突，且互相发明。中国今文家、古文家往往互相冲突，这个缘故，就是治学问出发点的方法不同了。外国无论历史哲学派、考古学派，他的出发点皆注重经验方法，虽至无可经验之时，亦必拿经验的事实来推测。中国古文家重经验，亦重推测；今文家不重经验，但重推测。不重经验的推测，实在不可叫做推测，只可叫做臆测；臆测之时，但有主观而无客观，是治学的最大毛病。”⑦所以，二者既有这样的区别，当古文家与今文家在进行学术论争时，后者之主观遂使得前者无话可说。“今古文家辩论至此，古文家遂不能辩了，以为他们总是合于自己心理的书以为真的，不合于自己心理的书以为假的。而且一部书中，或一章书中，合于自己心理的乃是真的，不合于自己心理的乃是假的。所以《左氏春秋传》全部书是假的，不容说了，《尚书》《论语》《孟子》《荀子》不合他心理的这几篇几句亦有假的了。照此说来，古今来无论什么书大都是假的，真的书中亦大都.半真一半假的，是无容辩得了。”①总之，朱希祖认为，古文经学的治学方法，因尚实证、重证据，所以合乎科学，属于“客观主义”；而今文经学则尚主观、喜臆测，胸中先横一义，不顾客观事实，强作解释，因此与“科学方法”背道而驰。
近代经学今古文之争，本质其实多属政争，但是余韵所及，对学术思潮的影响却非常巨大，此不待烦言。只是由于人们对现代学术研究中“科学方法”的理解各不相同，所以对今古文学派的评价也就有所差异。朱希祖在这里对章太炎和他所宗尚的古文经学评价颇高，因为在他看来，所谓“科学方法”就是依于客观、实事求是、不好空言、重视经验之推测。不过在其他人眼中，与现代潮流接轨者恐怕尚不止此。比如经学史家周予同就自言：“我个人是比较倾向今文的，我觉得近代今文学家固然有许多地方不免过于武断、夸大、诬妄，如有些学者们所讥刺；但他们给孔子以历史上的一个哲学家的地位，比较古文学家仅视孔子是一个古代文化保存者的史学家的确高明得多。并且他们说孔子托古改制，表面上是尊崇儒术，而实际却使孔子与先秦诸子同列，比之古文学家尊崇古代实际政治家的周公而认孔子只是他的继承者，实在较有贡献，而能为我们研究先秦学术思想史去一障蔽。”
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