《蔡清易学思想研究》以蔡清易学思想为主题，分别从其易学思想的来源、内容、特色以及对后世的影响几个方面来论述。在结构上主要分为五章： 第一章首先是对蔡清易学文化背景的梳理，在简要介绍蔡清的生平、主要学术活动之后，重点介绍了蔡清师友张载、薛瑄、梁寅的主要易学思想，通过与蔡清易学思想的对比，揭示蔡清易学思想的根源。其次，介绍蔡清的易学著作，包括对其易学著作《易经蒙引》的专门论述以及蔡清的《四书蒙引》和《蔡文庄公集》中易学资料的钩沉。最后，重点谈蔡清对《周易》的性质定位，展现蔡清对于《周易》体系的整体把握。 第二章将蔡清的《易经蒙引》与朱熹的《周易本义》作对比，通过体例、结构、义理三方面的对比，表明蔡清对朱熹的继承，更突显蔡清易学思想的创新点。如对《周易》一书的性质的界定、其中所蕴含的穷理尽性之道的阐述。 第三章主要讨论蔡清易学的主体思想。从易与天地准、理气无先后、静极至虚明三个主要命题以及道器、太极、阴阳以及动静这四个基本范畴入手，来研究蔡清的易学思想。 第四章从“以易理明治国”和“以史解易”两大方面来研究蔡清易学的诠释特点。继而又从蔡清易学与佛教、道教的关系两方面入手，从不同的侧面进一步解读蔡清易学思想的形成因素以彰显其思想的时代烙印。 第五章以蔡清门人陈琛、林希元等人为例，揭示蔡清后学的发展。接着又以李光地、蓝鼎元等人为例，说明蔡清易学思想对于明后清初闽南易学的影响。最后以罗钦顺、王夫之等为例，阐述蔡清易学思想对后世的深远影响。通过蔡清易学对明后清初易学家的影响，评估其易学的历史地位。