本书共包括五部分内容。
第一部分为人物篇。按姓氏笔画排名，对敦煌医学研究方面的118个人物予以介绍，主要包括人物生平、籍贯及主要贡献等。
第二部分为敦煌医学著作篇。按出版时间先后排序，选取了敦煌医学研究方面的著作86部并予以介绍。因有些著作只有部分章节涉及敦煌医学内容，因此只对该内容进行介绍。
第三部分为硕士、博士论文，共28篇。论文全部来自中国知网、维普，以关键词“敦煌+医”“敦煌+药”或“辅行诀”予以检索，然后进行人工筛选后按答辨年份先后排序介绍。
第四部分为期刊论文，共657篇。论文全部来自中国知网、维普，以关键词“敦煌+医”“敦煌+药”或“辅行诀”予以检索，然后进行人工筛选后先按姓氏笔画排序，每个姓氏下面再按发表时间先后排序。
第五部分为敦煌医学相关项目，共128个。项目信息来源主要为中国知网、甘肃省科技厅、甘肃省社科规划办、甘肃省教育厅、甘肃省卫生健康委员会、甘肃中医药大学等。
鉴于编委会资料获取能力方面的不足，有些与敦煌医学相关的人物或著作可能未被收录，在此深表歉意。
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