《云南百位历史名人传记丛书：一代文宗 陈荣昌》：
当时负责昆明治安的是按察使全懋绩，陈荣昌任云南团练总局总办。团练是半军半农组织，团丁不脱离生产。1898年清政府为防止外祸而下令组建。陈荣昌办团练，因为英法侵略野心日甚一日，所以不加推辞，任劳任怨，以谋求抵御。
方苏雅的恶劣行径发生后，云南当局急谋对策。陈荣昌对方苏雅的侵略行为极感愤慨，与巡抚丁振铎、布政使李经羲、按察使全懋绩商量，建议起草传单，把他的恶行公之于众，号召群众到领事馆示威，造成一定声势以便勒令其交出军火。陈荣昌起草好传单，经丁振铎、李经羲认可，同意发布，他们并说从去年围攻圆通寺之役，可以看出民气可用。大家商定，官绅民同心一气，一切依官方之指挥而进退。众乡绅负责印刷、散发传单。总督府同时发出外交照会，要求方苏雅交出军火。丁振铎上奏朝廷，说明情况。
5月13日早上，团练局的局丁换上便服，列队前往领事馆质问。方苏雅闭门不理，加强戒备。到中午，人群越聚越多，方苏雅感到惊恐，反过来请求督抚保护，督抚未答应。领事馆鸣枪伤人，于是群情汹汹，立刻捣毁领事馆侧面的法国工程师住宅。到夜晚群众才散去。听说军火藏在平政街教堂，又说方苏雅也在教堂躲藏，第二天群众又涌到平政街，包围教堂。
5月14日，清政府颁布上谕，严厉斥责方苏雅“恃强横行”闯关抢枪的恶劣行径，要求法国驻华公使把他“即行撤回”。总理衙门也照会驻华公使毕盛，要求法方责令方苏雅交出武器，另派领事。法国方面认为在当时“排外风潮”严峻的形势下，方苏雅带武器入滇属于正常的“自卫”行为，不但不责令他运回武器，反而要求中国保护方苏雅的安全。随后，双方进行了谈判，各执一词，方苏雅仍然“恃强横行”，拒绝交出武器，拒绝离开云南，谈判陷入僵局。越南总督杜梅率领法军数千驻扎河口，准备攻进云南，救援方苏雅。
6月10日，四面八方的民众包围平政街老教堂，将其焚烧，城外的狗饭田法国教堂也被焚烧，火光照亮了半个昆明城。当方苏雅一行准备离开昆明时，又发生了哄抢其行李的行为。6月24日，方苏雅在云南当局护送下离开云南。1904年离任回法国。
昆明教案发生后，中法关系严重恶化。后经谈判，以中方赔款了结。方苏雅是挑起教案的祸首，开始是不遵清政府法令，“闯关闹卡”；交涉时“办事躁急，意气用事”，致使局面失控。后来，他“深知悔悟”，不想与滇民结怨，请清政府从轻惩治“凶犯”。法国驻华使臣也劝诫他“遇事公平熟商，勿涉躁急”。方苏雅态度的转变，根本原因是云南人民的爱国行动教训了他。
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