1846年，受罗尔学院邀请，他来到了波士顿。他的系列讲座--《动物王国的创生计划》得到了广泛好评，他甚至用法语进行了一场关于冰河的讲座。接下来的几年，他接受了哈佛大学哈佛设计研究生院提供的教授职位。纳沙泰尔对失去一个这样卓越的科学家感到失望，美国却为能够把世界顶级博物学家招揽到旗下而激动不已。希望研究整个美国大陆的迫切心情使阿加西在美国永久地居住下来。
塞西尔并没有跟随阿加西去美国。1845年，他们遭受了经济危机，塞西尔一直和自己的哥哥布劳恩生活在一起，但是阿加西仍然深爱着她。当1848年听到塞西尔死讯的时候，阿加西陷入了深深的悲痛之中。1850年，他娶了第二任妻子凯丽。凯丽是一个出色的伴侣，也是阿加西3个孩子称职的母亲。她成了阿加西美洲研究的同伴和书记；在丈夫死后，凯丽又成了阿加西的传记作者。她是一个坚强又聪慧的女性，她的名望不仅来自她和阿加西的关系，还因为她建立了拉德克利夫学院--所女子学院，并且担任该学院的第一任校长。拉德克利夫学院在1999年同哈佛大学合并，现在叫做哈佛大学拉德克里夫高等研究所。
为了研究美国的自然环境，阿加西走遍了美国大地。他计划撰写一部10卷的专著《美国自然历史的贡献》，可惜只出版了4卷（1857-1862）。他的著作中最有价值的部分是对海龟胚胎学的全面研究。由于那时许多科学家接受了达尔文“物竞天择”的理论，阿加西的这些研究并没有产生太大影响。阿加西一直不能接受达尔文的观点，事实上，他是达尔文学术上的一个强力反对者。
在美国时，阿加西仍然是一个积极的科学研究者和大受欢迎的教授。他的贡献巨大无比，仅仅用一章的篇幅是无法完全把它描述m来的。阿加西断定北达科他、明尼苏达（Minnesota）和曼尼托巴（Manitoba）地区曾经是一片大湖。今天，为了纪念阿加西，人们把这个湖称为阿加西湖。他还发现了大量证据扩充自己的北美冰川理论。他收藏的大量资料和化石最终促成了1859年哈佛比较动物学博物馆（MCZ）的建立。这个博物馆成了他学术理念的一个典型代表--和谐地处理研究和教学的关系，而阿加西的影响又使博物馆获得了大量的公共和私人捐款。1861年，他被授予伦敦皇家学会的最高奖--科普勒奖章（Copley Medal），以表彰他在古生物学和其他科学分支，特别是在鱼化石方面的研究成果。1865年，他到巴西考察，在那里他研究r当地的动物lxI系并且为哈佛博物馆收集了物种。
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