“东盟+3”合作的基础就是我们组织的需求评估的研讨会，这样的需求评估指导如何在这三个国家建立起合作伙伴关系，并且在能力建设方面和这三个国家进行合作。
东盟生物多样性与中国一东盟环境保护中心开展了合作，具体由中方组织实施，由中国—东盟环境保护合作战略来帮助东盟成员国和中国协调环境保护方面的一些政策和活动。同时，也建立起生物多样性和环境保护、生态保护方面的意识。另外，东盟和日本的协作也有一些合作项目，其中一个就是东南亚生物多样性信息倡议。项目是通过几个论坛建立起来的，在论坛机制下由科学家交流本地的生物多样性方面的一些信息，同时我们也有区域的行动计划，它能够加强在分类方面的支持，从而能够增强在决策过程中的科学依据。东盟生物多样性中心还通过亚太生物多样性观察网络进行合作；同时进行经验的交流，包括在世界保护大会上进行了一些交流；和韩国也有一些正在讨论的合作项目。
东盟开展的另一重要活动就是与印度的合作，在过去20年的时间里这方面的合作一直在进行，最近建立起了一个传统知识数字图书馆，目的就是保存传统知识，防止生物多样性的滥用以及相关的传统知识被错误地使用。还有另外的合作项目，旨在增强东盟成员国的意识，让他们更好地理解生物多样性方面的产权，同时在社区的角度也进行了最佳实践的分享。在这方面，东盟有很多的跨边境的合作伙伴，而且建立了非常紧密的合作伙伴关系，生物多样性中心已经提出在大湄公河次区域东盟的成员国之间进行合作，保护大湄公河的生物多样性。自然保护和生物多样性东盟工作组也在进行协作，目前他们已经组织建立起了30个东盟的遗产公园，有2个正在筹备建立。
伯纳奥项目（BORNEO）有文莱、印度尼西亚等国参与，主要是保护岛上剩下的森林资源。还有一个是菲律宾、印度尼西亚和马来西亚之间的合作项目，主要目的是管理两个最大的生态系统：SULU和SULUC地区的生态系统，该项目也是跨越了整个珊瑚礁三角区的合作。
菲律宾和马来西亚还有一个保护海龟的自然栖息地的合作，地方非常小，但却是非常重要的自然栖息地组成部分。生物多样性中心的项目还涉及珊瑚礁三角区，这几个国家进行合作保护该地区的珊瑚礁物种。这些国家能有400～600多种的珊瑚资源物种。
生物多样性中心同时和技术组织建立起合作伙伴关系，目前最大的伙伴就是生物多样性和气候变化项目，它坐落在菲律宾该中心的大楼里，同时该中心也和世界自然保护联盟，还有其他国际环境组织进行合作，并同他们共享数据库资源。
近年来，生物多样性中心取得了一些经验教训，比如领军者具有非常重要的作用，他们对于建立合作伙伴关系扮演了非常重要的角色，必须要建立起共识，必须要有科学决策的机制，同时要考虑各个国家不同的文化。
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