补偿方式是补偿主体对补偿对象进行补偿时所采用的方式，主要有资金补偿、实物补偿、政策补偿、智力补偿等，资金补偿和实物补偿是当前西部地区生态补偿中所主要采用的补偿方式，如退耕还林工程中所采用的补偿方式，这些补偿对促进生态建设具有重要的作用，通过资金补偿和实物补偿可以缓解退耕农户暂时的困难，保障他们基本的生活，促进生态建设工程的顺利开展。但是，当前所采用的资金补偿和实物补偿都是为了解决退耕农户基本生活问题，没有将后续产业的发展与生态补偿结合起来，也就是没有建立起一种长效的补偿机制，因此，在当前生态补偿方式的基础上，应该根据补偿主体和补偿对象的实际，建立多种补偿方式。补偿主体可以设定多种补偿方案，由补偿对象选择，如在采取资金补偿和实物补偿的同时加上政策补偿，就是制定特殊优惠政策，补偿对象在进行其他经济活动时给予一定的优惠；资金补偿、实物补偿和智力补偿相结合，这就是在保障补偿对象基本生态的同时，通过专门的教育培训，使他们能有一技之长，为拓宽就业面创造条件；此外还可以根据实际需要建立不同的生态补偿方式。补偿对象可以根据自己的实际情况选择补偿方式，在不同的补偿方式中选择一种最适合自己发展需要的补偿方式。当然，在该补偿机制中的补偿方式不再是以解决补偿对象的基本生活为目标，而是在解决基本生活的同时要提高他们的发展能力。
补偿标准的制定有多种方式，当前大多数生态建设补偿标准的制定都是自上而下制定的，如退耕还林工程中的补偿标准，就是采用的这种方式。这种制定补偿标准的方式一个明显的缺陷就是不利于调动生态建设者的积极性，因为自上而下确定补偿标准的时候容易造成“一刀切”，这样就会导致一些地区“补偿不足”而一些地区“补偿过度”，如在西部的一些重要生态功能区，如果按照这样的补偿方式补偿就存在严重的补偿不足。合理的补偿标准是提高补偿资金利用效率，实现生态建设工程顺利实施的关键，因此，在该补偿机制中的补偿标准是采取自上而下和自下而上相结合的方式制定，也就是政府制定生态补偿标准的一个大体范围，生态建设者在自己的计划书中应该提出对生态补偿标准的要求。
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