（1）消毒。消毒包括育苗环境消毒，也包括基质、穴盘等消毒。工厂化育苗对育苗环境要求比较高，由于种子带毒、穴盘等反复使用或其他因素影响，对育苗环境造成污染，导致病虫害残留积累，影响种苗质量，增加病虫害防治成本。因此，每次育苗前或一个周期后，都要对育苗温室环境消毒，尽量减少病虫害对秧苗的影响。环境消毒可以采用熏蒸和药液喷雾等方式：如1000米。温室，可用0．8千克甲醛、0．8千克高锰酸钾加到4～5千克开水中，烟雾熏蒸48小时；或在温室使用前10～15天，按1000米。用2．5千克硫黄粉、0．25千克敌敌畏和5千克锯末混合后分散点燃熏蒸24小时；也可用40％福尔马林100倍液，对温室全面喷雾，包括墙体、地面、苗床架等。对基质装填环境可用高锰酸钾2000倍液或70％甲基托布津可湿性粉剂1000倍液喷雾杀菌。对循环利用的穴盘消毒，一般先用清水洗净后通风晾干，再结合温室熏蒸消毒或单独在密闭房间熏蒸消毒，也可用70～80℃水蒸气高温消毒。
（2）播种。批量播种一般采用精量播种生产线自动化播种，精量播种生产线一般包括穴盘自动解垛机、基质装填机、真空播种机、自动洒水覆土机和积盘机，将预处理的种子装入真空播种机，由自动流水线完成全部播种流程。工作人员在播种前，根据所播种子的不同和育苗要求，选用不同规格穴盘，装填到自动解垛机上，调节真空播种机播种程序，符合穴盘规格，调节好播种速度和压穴深度，即可开始播种。播种过程中，工作人员要及时加添穴盘和基质，及时检查真空播种机，防止播种机吸孔堵塞，影响播种精度，同时还要及时添加种子。采用精量播种生产线，播种精度高，速度快，减少劳动力，提高了工作效率。一般每小时可播种700～1000盘，7万～10万粒种子，播种精度在95％以上。当种子批量小，或不适宜使用精量播种生产线播种时，也可采用人工播种。当连续播种不同作物、品种时，每个品种播完后，要及时清理剩余种子，以防止机械混杂，影响种苗质量，每个品种都要在穴盘上或苗床上做好标注，建立生产档案以备查。
（3）催芽。种子播人穴盘，即可开始催芽，冬春季温度较低时，可利用催芽室催芽。利用催芽室催芽，可直接将播好种子的穴盘放到可移动的穴盘架上，推人催芽室，根据不同品种、作物发芽需要，调节催芽室温度、湿度在适宜范围内，开始催芽。夏秋季温度较高时，可将播种后的穴盘直接放到育苗温室的苗床架上，利用温室温度进行催芽。催芽时可在穴盘上覆盖一层塑料薄膜或无纺布，起到保湿的作用。
（4）养护管理。种子经催芽出苗后，即可进入育苗温室生长管理，包括水分管理、温度管理、光照管理、养分管理、病虫害防治等内容。利用育苗温室育苗，是在外界气候条件不利的情况下人工创造有利于蔬菜种苗生长的生态环境，需要一定的能耗。如冬春季育苗，夜间温度低，需要对温室进行加温处理，夏秋季育苗，白天温度高，需要对温室进行降温处理，连续阴天寡照时，还需要补充光照。
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