进入新石器时代，社会的进步和发展皆系于农业的发展，在一定程度上，农业的发展程度就是社会发展的标志。新石器时代的早中晚三期，农业经历了火耕（或点耕，实际上是不耕）、耜耕、犁耕三个阶段，石器从局部磨光到通体磨光，从以粗大型器具为主到以精致的小型器具为主，家畜从食草的牛羊动物到以家猪为主的饲养动物再到六畜齐备，等等。离开了农业问题的研究，我们就无法说明新石器时代社会的发展。文明是史前社会发展到一定阶段的产物，也就是农业发展到一定阶段的产物。因此，古代文明形成基础的研究，本质上就是关于史前农业的研究，忽视了对农业基本元素的研究，就无法理解文明产生的背景，也就无法阐释文明起源的过程。
从大处着眼，农业和文明二者的发生有着相同或相似的特点，而这些特点皆由农业起源和发展过程形成的特点决定。前述三个古代文明地区，其文明产生的共同特点是，以大河为依托，依靠近河地带天然的有利条件，在河流的灌溉下产生和发展了农业，又在河流的灌溉下产生了文明。我国农业起源于山地，最早在山前台地发育起来，并逐渐向低地平原地区转移，最终在近河地带得到较快的发展，中华文明也正是在黄河、长江、辽河、珠江等大河的灌溉中孕育成熟的。苏秉琦先生上升到考古学理论的六大区系的建立也反映了几大流域在中华文明形成过程中的重要地位，为我们的文明探源工作指明了方向。
六大文化区系的建立使中华文明多元一体论成为学界的共识，这与农业的多中心起源又是一致的。世界农业的起源是多元的，中国是农业的独立起源地之一，中国境内各地农业又多有着不同的源头，我们从一地作物野生种的存在、该作物考古遗存的发现和作物生产的自然和人文环境等几个方面来考察农业的起源问题。我国境内有多处地点符合作为农业起源地的条件，如华南、长江中游、长江下游和江淮地区被作为稻作起源研究重点关注的重点地区。农业起源研究的重点地区恰又是文明起源研究的重点地区。
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