货币和市场法以费用来表示自然生态环境资源的经济价值，在理论上就存在缺陷。它不同于市场价值评价，适合于没有费用支出的但有市场价格的生态服务功能的价值评估。理论上是合理的方法，但是由于生态系统服务功能种类繁多，而且往往很难定量，实际评价时仍有许多困难。间接的方法只能估算使用价值，其不足之处在于：所获得的价值是假设性的，存在偏好不确定性。
生态足迹模型紧扣可持续发展理论，是涉及系统性、公平性和发展的一个综合指标。将生态足迹的计算结果与自然资产提供生态服务的能力进行比较能反映在一定的社会发展阶段和一定的技术条件下，人们的社会经济活动与当时生态承载之间的差距。测算指标采用生产土地的面积，不使用金钱的测量使人容易理解，而且容易进行尝试性测算。该模型的计算结果只反映经济决策对环境的影响，而忽略土地利用中其他的重要影响因素，如城市化的推进挤占耕地，由污染、侵蚀等造成的土地退化情况。因此，该模型目前计算结果有高估区域生态状况的可能。生态足迹法强调人类发展对环境系统的可持续性，而不关心经济、社会、技术方面的可持续性，并不考虑人类对现有消费模式的满意程度。另外，它是一种基于静态指标的分析法，无法反映未来的可持续性，它没有把自然系统提供资源、消纳废弃物的功能描述完全（Wackernageletal，1999）。
能值分析方法把生态环境系统与人类社会经济系统有机地联系和统一起来，定量分析自然与人类经济活动的真实价值，有助于调整生态环境与经济发展的关系，对自然资源的科学评估与合理利用、经济发展方针的制定及地球未来的预测，均具指导意义。该方法将环境资源、商品、劳务和科技等不同类别与各种形式的能量转换为同一标准的能值后，对这些能值均可加以比较研究。能值分析方法与技术的采用不是取代货币对经济行为的度量功能，而是弥补货币价值方法的不足，对那些非市场的自然物品和服务的价值进行度量尤其适用。能值分析方法可以为国际、国家和地方的政策分析和生态经济决策提供技术工具支撑，却难以用来研究人类或生物在社会组织、制度、行为、心理意识等方面的问题。因此，到目前为止仍然局限于在经济或生态经济系统内应用。
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