医疗纠纷仲裁涉及的其他问题主要包括医疗纠纷仲裁组织、医疗纠纷仲裁协议、医疗纠纷仲裁员、医疗纠纷仲裁庭组成以及医疗纠纷仲裁费等问题。
对于医疗纠纷仲裁组织问题，学界主要有两种观点：一种是鉴于医疗纠纷的特殊性，主张建立专门性仲裁机构解决医疗纠纷。更多的学者则主张，直接利用现行仲裁体制，在仲裁委员会中设立专门的医疗纠纷仲裁中心从事医疗纠纷仲裁工作。笔者认为，虽然世界上有的国家比如墨西哥已建立了从事医疗纠纷仲裁工作的专门机构，但这并不意味着在我国建立类似机构是可行的。主要理由如下：一是建立专门医疗纠纷仲裁机构并无法律依据。我国《仲裁法》并未对行业仲裁组织问题作出任何规定。这就意味着如不对我国仲裁法进行修改，则成立专门的医疗纠纷仲裁组织将面临无法可依的尴尬局面。我国仲裁法修改的呼声从未停止且全国人大也将仲裁法修改一度列在立法规划内，但却因全国人大立法的艰巨性，迟迟未有结果。可见，通过修改仲裁法确立专门从事医疗纠纷仲裁机构的合法定位并非易事，也并非一朝一夕可以完成的。二是成立专门的医疗纠纷仲裁组织是对现有仲裁资源的一种浪费。我国目前已成立仲裁机构多达209家，已基本覆盖全国设区的市。我国仲裁机构目前成立的多家医疗仲裁中心比如深圳医患纠纷仲裁院等的仲裁实践也表明，仲裁机构在组织上完全有能力胜任医疗纠纷仲裁工作的需要，完全没有必要费时费力再行成立专门的医疗纠纷仲裁机构。三是医疗纠纷的特殊性并不在于法律适用的特殊性，而是在医疗行为高度专业性上。仲裁机构完全可以吸纳更多地具有医学背景的法律专家或者医学专家来担任仲裁员，裁决医疗纠纷案件，完全可以克服因医疗行为的高度专业性而引起的裁决案件复杂性的问题。四是专门性医疗纠纷仲裁组织如由卫生行政部门牵头组建，则会引起“医医相护”、“球员兼裁判”的质疑和批评。我国台湾地区学者在反对“由中央主管机构设立医疗纠纷仲裁委员会”的立法建议时，指出仲裁历史悠久且受各国普遍所支持，设立专门的医疗纠纷仲裁机构不但违反传统且有行政干预之嫌。五是我国医疗纠纷仲裁的相关理论尚处探讨阶段，建立专门的医疗纠纷仲裁机构不但理论准备不足，而且还涉及组织成本高、受案数量无法保障等诸多难以解决的问题。
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