狭义上水生生物种质资源是指，人类在通过直接繁殖水生生物而获取经济和社会效益的渔业生产活动中，那些具有优良种质价值的水生生物物种的遗传多样性资源及其频率载体。然而，狭义上的水生生物种质资源，在具体识别与评价时，很难界定某些具体的物种是否具有优良种质价值，这是因为在一定时期内，可能这些生物物种在生产活动中不具有优良种质价值，但随着科学技术的进步和社会的需求，这些物种可能在很短的时间内，又具有优良种质价值。
无论从广义上讲还是从狭义上讲，很显然水生生物种质资源是自然介质中可认识的、可萃取的、可利用的物质要素，而且在社会系统中带来合理的福祉、愉悦和文明，所以说水生生物种质资源是自然资源的重要组成部分。
（二）水生生物种质资源的范畴
广义上的水生生物种质资源可分为三大类：水生动物种质资源、水生植物种质资源、水生微生物种质资源。水生动物种质资源包括水生哺乳类、两栖类、鱼类、昆虫、甲壳类、蠕虫、软体动物、轮虫、枝角类、桡足类等。水生植物种质资源包括水生种子植物、水生蕨类、苔藓类和水生藻类等。水生微生物种质资源包括细菌、真菌、放线菌、蓝藻和原生动物等。
广义上的水生生物种质资源，我们可以按照目前水生生物种质资源物种保存和利用状态，将其分为天然水域水生生物种质资源、水产养殖种质资源和珍惜濒危水生生物种质资源，这三类资源有着如下特点。
1.天然水域水生生物种质资源
天然水域经济生物种质资源，它包括一切天然水域自然生存的水生生物种质资源，其特点是：①物种形态及遗传背景为原始状态，对其遗传特性了解较少；②资源物种种类多，生物资源总体数量大；③物种主要在自然状态下进行繁衍生息，利用状态多为通过捕捞生产而利用。
需要说明的是，我国天然水域水生生物种质资源不仅物种多，而且各物种种群数量较大，虽然目前大部分没有直接通过人工繁殖而获取经济和社会效益，但它们的主要物种都通过直接捕捞的方式，作为食物、工业原料或养殖苗种加以利用。随着社会的需求和人工繁育技术的发展，这些物种可能在很短的时间内，又具有人工养殖遗传育种的种质价值。
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