除细胞膜外，很多细菌还具有内膜系统，包括中体（或称间体）、载色体、羧酶体、类囊片等。
在细胞质中由一个或数个较大的、不规则的层状、管状或囊状物组成的称中体。它是细菌细胞质中主要的、典型的单位膜结构，与细胞膜连接，是细胞膜有些内褶或反转埋于细胞质内而形成的。
对中体的生理功能还不完全清楚。据推测它可能是呼吸作用的电子传递系统的中心，相当于高等生物的线粒体，有人称之为“拟线粒体”。中体可能与细胞壁合成、DNA复制、核分裂及芽孢的形成有关。（三）细胞质及其内含物
细胞质是包于细胞膜内，除核质体外的一种无色透明的胶状物。细胞质的主要成分是水、蛋白质、核酸、脂类及少量的糖类和无机盐。细菌细胞质内核糖核酸含量较高。
细胞质是细菌的内在环境，含有各种酶系统，是细菌进行新陈代谢的主要场所。
细胞质内存在各种内含物，它们是细胞蛋白质的合成场所，细胞的储藏物质或代谢产物。
1.核糖体
核糖体是细胞蛋白质的合成场所，它是由RNA（核糖核酸，占60%）和蛋白质（占40%）组成。核糖体大小不一，形状也不尽相同，有卵圆形或不规则形。核糖体数目很多，如一个大肠杆菌细胞中就含有5000个左右。在生长旺盛的细胞中，核糖体成串联在一起，称为多聚核糖体。
2.气泡在海洋和湖泊中的某些细菌有气泡，其功用相当于鱼鳔，与菌体的沉浮有关。
3.载色体
载色体是光合细菌进行光合作用的部位，相当于绿色植物的叶绿体。主要化学组成是蛋白质和脂类，含有菌绿素、类胡萝卜素等色素以及光合磷酸化所需的酶系和电子传递体。
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