对于这些事情的循环关注，最终引发了一场10世纪开始的隐修改革运动，发起者是一批鼓吹复兴隐修理念的僧侣，他们想要在那些修道精神退化堕落的地方恢复其最初的精神。有趣的是，这些僧侣在平信徒中寻得了慷慨的帮助，他们帮助其建立了新的改革的修道场所。大部分位于加洛林王朝原来的中心地带，从比利时到瑞士，向西到勃艮第，向东到法兰克尼亚。改革就从这一区域向外辐射。到10世纪末，诸侯和皇帝也对这一运动产生了兴趣。他们的赞助加大了干涉教会事务的危险，但矛盾的是，也极大地增加了恢复教皇独立的可能性。
这场改革运动以其最重要的动力来源而命名——909年由阿基坦公爵新建于勃艮第的著名的克吕尼修道院（abbey of Cluny）。在将近两个半世纪的时间里，克吕尼都是宗教和神职人员的力量源泉。克吕尼派的领导者都是有文化的人，他们往往出身于贵族家庭，来自勃艮第和西法兰克的名门望族（这是一个能够扩大他们影响的因素），并在教会的道德精神改革之后施展自己的权威。克吕尼派僧侣遵循修订过的《本笃会规》，同时也加入了一些新的内容。一个宗教修会不仅仅在于统一的生活方式，还需要一个集中管理的组织。本笃会修道院先前都是自治的团体，但是新的克吕尼派修道院要完全地听命于克吕尼修道院院长；他就像是成千上万名僧侣组成的军队中的将军。这些僧侣在母院（mother house）中接受一段时期的培训后就进入他们自己的修道院。在克吕尼运动的高潮时期，也就是12世纪中期，超过300座修道院——有的甚至远在巴勒斯坦——遵循着克吕尼的指导。它是继圣彼得罗马教会之后西方基督教世界最重要的教会中心。从一开始克吕尼修道精神就在整个教会里传播了新的实践与观念，其后逐渐显示出自己是一股革命力量，尤其是在平信徒和教会权威关系的观念革新上。
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