1．中央政府与地方政府博弈
新农合制度的出台得益于中央政府长期调研和政策咨询，地方政府需要密切配合中央政府，只有这样，新农合资金才有保障，这项政策才能推行。中央政府规定，省、市（地）、县级财政都要根据实际需要和财力情况安排资金，对实施合作医疗按实际参加人数和补助定额给予资助。中央财政通过专项转移支付对贫困地区农民贫困家庭医疗救助给予适当支持。③经历长时间酝酿之后，中央财政明确给予新农合补贴，从博弈中可以看到，地方政府选择不配套的收益小于配套的收益。博弈的纳什均衡是中央政府补贴与地方政府配套。
当然，在收益差距和惩罚力度不大的情况下，地方政府有可能会选择不配套策略。其原因主要有：财政状况窘迫无力出资，或等待其他地方政府反映，或口头承诺而不兑现，或博弈中央财政配套等。更深层的原因可能是，就新农合专项拨款而言，无论是中央政府对省级政府的补助，还是省级政府对下级政府的补助，大多采用一刀切式的固定金额制。这样一种补助方式根本无法起到拉平地方新农合服务的功能①。地方政府更多地应根据时间、省情和民情的不同，实施差别式配套，这是未来新农合制度需要完善和改进的地方。与此同时，要防止地方政府出现敷衍行为，尽量拉大博弈中给予配套与不配套的收益差距，减少地方政府投机行为；并且，中央政府应该给予配套明确且完全信息，在地方政府与农民出资前给予配套②，减少重复博弈环节。
2．中央政府与医院博弈
中央政府逐步取消对医院药品定价的单一制，代之而行的是双轨制，实际上是允许医院根据市场状况和医院情况适当部分地上调医药和服务价格。此时，农村医院不再受单一制限制和惩罚，在市场改革刺激之下，医院将赢利放在首位，调高医药价格和医疗服务价格成为必然的选择。中央政府会反思出现这种窘况的原因，不断修补双轨制。博弈进而由静态转化为动态，而医院总是在获悉中央政府策略之后展开行动。
运用逆向归纳法，在第三阶段，中央政府选择双轨制策略，在博弈树的第二阶段，医院会选择调高医药和医疗服务价格，在第一阶段中央政府会选择双轨制策略。中央政府经过两轮双轨制策略之后（见图2—1），医院选择调高价格，中央政府与医院的收益分别为5个单位和7个单位，中央政府让出1个单位收益给医院。此时博弈仍然没有结束，因为一方面集体最大化收益并没有达到，只是博弈方之间收益让渡，另一方面中央政府会为完善新农合制度进一步修补双轨制，医院也会想出进一步策略。
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