1999年3月中旬，三人小组在京再次召开部分省份座谈会，进一步听取有关方面意见和建议。4月下旬，国务院办公厅将三人小组报送的《关于农村税费改革有关重大政策问题的调研报告》印发各省、自治区、直辖市人民政府及国务院各部委、各直属机构主要负责同志研究并提出意见。5月中旬，三人小组派出调研组赴云南对农业特产品集中产区的税费改革政策进行调研，随后赴内蒙古调查牧区税费负担情况。6月中旬，工作班子召开黑龙江、山西、甘肃、江苏、安徽、河南、湖北等省及国务院有关部门参加的座谈会，研究讨论改革和完善农业税收制度等问题。10月13日，国务院第50次总理办公会议听取了项怀诚同志关于农村税费改革若干重大政策问题的汇报，议定抓紧起草农村税费改革政策文件。1999年11月22日，温家宝同志主持召开会议，原则通过《中共中央、国务院关于进行农村税费改革的决定（代拟稿）》。
为慎重起见，1999年年底，按照国务院领导要求，三人小组在京召开了部分省份农村税费改革座谈会，重点讨论农业税税率调整等问题。与会同志结合本地实际认真测算分析后认为，5％的农业税税率和10％的附加可能偏低。按此测算，一些省份的收支缺口大约在10亿元左右，难以满足基层政权运转和提供公共服务的基本需要。座谈会后，根据地方的意见，按照既要减轻农民负担，又要考虑各方面承受能力的原则，经过反复测算，拟将农业税税率确定为最高不超过7％，新的农业税附加按不超过农业税正税的20％征收。会议对其他重点问题也进行了讨论研究，达成了一致意见。
2000年2月3日，受国务院委托，项怀诚同志向中央政治局常委会做了关于开展农村税费改革试点工作的汇报。2000年2月18日，中央政治局会议讨论通过了《中共中央、国务院关于进行农村税费改革试点工作的通知（代拟稿）》。会上，江泽民同志指示，农村税费改革关系9亿农民的切身利益，改革的方向是正确的，一定要把这件事办好。
（四）中央7号文件的发布，标志着农村税费改革开始进入实施阶段
2000年3月2日，中共中央、国务院以中发[2000]7号文件下发了《关于进行农村税费改革试点工作的通知》，明确了农村税费改革的重大意义、指导思想、基本原则和主要内容，对试点工作提出了具体要求。中发7号文件的发布，是农村税费改革的一个标志，I生事件，表明经过一年半的认真准备，改革开始进入具体实施阶段。
从事或熟悉农村税费改革的同志，习惯用“三取消、两调整、一改革”来概括2000年农村税费制度改革试点的主要内容。所谓“三取消”，一是取消乡统筹费、农村教育集资等专门面向农民征收的行政事业性收费和政府性基金、集资。乡村两级义务教育、中小学危房改造、计划生育、优抚和民兵训练支出，由各级政府通过财政预算安排；修建乡村道路所需资金不再固定向农民收取；农村卫生医疗事业逐步实行有偿服务。政府适当补助。二是取消屠宰税。三是取消统一规定的劳动积累工和义务工。村内进行农田水利基本建设、修建村级道路、植树造林等集体生产公益事业所需劳务，实行“一事一议”，由村民大会民主讨论决定，农民筹资筹劳的上限标准授权省级人民政府确定。所谓“两调整”，一是调整农业税政策。农业税按照农作物的常年产量和规定税率依法征收，常年产量以1998年前5年农作物的平均产量确定并保持稳定，新的农业税实行差别税率，最高不超过7％；牧业税负担按照略低于新的农业税负担的原则确定。二是调整农业特产税政策。农业税和农业特产税不重复交叉征收。对在非农业税计税土地上生产的农业特产品，继续征收农业特产税；对在农业税计税土地上生产的农业特产品，可以只征收农业税或只征收农业特产税；在农业特产品集中产区也可以只征收农业特产税。农业特产税税率按照略高于农业税税率的原则进行适当调整。所谓“一改革”。就是改革村提留征收使用办法。村干部报酬、五保户供养、办公经费，除原由集体经营收入开支的继续保留外，其余支出采用最高不超过新农业税的20％征收农业税附加解决。改革试点由点到面的发展历程
从规范农村税费到最终取消农业税，大致经历了两个阶段：一是2000年起对农村税费进行规范，正税清费；二是2004年起逐步减免农业税，直至全面取消农业税。
（一）逐步扩大试点范围
2000年安徽试点启动，改革拉开序幕。 在农村税费改革方案研究起草过程中，曾经设想从东、中、西部各选一个有代表性的省份进行试点，以积累经验，完善政策。当时表示有试点愿望的省份有五六个。后来，改革方案在征求地方意见时，有的省份因对改革可能遇到的困难和风险不托底，加上担心中央财政不安排专项补助，打了“退堂鼓”，只有安徽、甘肃两省表示愿意承担改革试点任务。1999年12月初召开部分省份农村税费改革座谈会，听取地方对《关于农村税费改革的意见（讨论稿）》的意见时，时任安徽省常务副省长（现任国家发改委主任）张平同志向温家宝同志汇报了有关情况，代表省委、省政府建议中央将安徽列入全国农村税费改革试点省，并表态如果中央同意在安徽全省范围内进行改革试点，安徽将全力以赴，认真做好相关工作，确保改革顺利实施。
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