他除了在诵读和文字书写方面的天赋之外，作为一个贫苦人家的子弟非常珍惜得来不易的学习机会因而无比勤奋努力。由于家境贫寒，筹办不了出家受戒所需要的物品，所以他直到15岁才受沙弥戒，而一般‘的幼僧在六七岁时就开始受此戒了。
藏历第七饶迥的阴木鸡年，公元1405年3月21日，根敦珠巴在纳塘寺受沙弥戒，珠巴喜饶为他的亲教师，纳塘寺的另一名高僧，以后成了他的主要师尊之一的大菩萨罗丹巴为轨范师，取法名为根敦珠巴。据说他的法名的最后二字“桑波”是他自己加上去的。
正是根敦珠巴在纳塘寺学法的这一时期，西藏佛教界正在发生一个巨大的变化，这就是宗喀巴大师推动的“宗教改革”进入了开始的阶段。1401年，宗喀巴大师和他的老师仁达娃以及另一个萨迦派的高僧嘉乔贝桑召集600多名僧人在噶当派的祖寺热振寺举行了一次重要的法会，宗喀巴大师和仁达哇、嘉乔贝桑提出了他们的整饬藏传佛教僧人戒律的思想，并在法会上付诸实践，这次法会的成功实际上是为格鲁派的创立奠定了基础，而且在这次法会期间，宗喀巴大师撰写了他的显教方面的主要著作《菩提道次第广论》，还首次为弟子传授密教戒律和灌顶，并在热振寺居住了两年。宗喀巴入藏后不久，就到过纳塘寺，并向当时纳塘寺的住持学习过《因明》、《中观》等噶当派的教法，还在纳塘寺参加过立宗辩经，因此他的影响自然会传到纳塘寺。
当时去前藏随宗喀巴学法成了每个学僧心驰神往的一件事情。根敦珠巴出家之后也立刻想到要去宗喀巴身边，追求正法。但他的这个念头立即遭到了纳塘寺住持珠巴喜饶的阻止。珠巴喜饶让他暂时仍然留在纳塘寺继续诵经写经。理由是学习佛法及其传承需要一个贤良的上师作为宗教师来授近圆戒。根敦珠巴既然已经在纳塘寺受了近事戒和沙弥戒．那么他也应该在纳塘寺受近圆戒。根敦珠巴听从了他的话，放弃了马上去前藏的念头．继续留在了纳塘寺。在此期间，珠巴喜
饶为他讲授了噶当派的《噶当六书》等基本经典和密教修习和灌顶等。他还向当时在纳塘寺的印度僧人僧格室利学习了《诗镜论》、《甘露藏》和声明学的知识。
藏历第七饶迥之阴铁虎年，公元1410年，根敦珠巴在纳塘寺受近圆戒，时年20岁整。珠巴喜饶（当时已辞去纳塘寺住持的职务）仍为亲教师，罗丹巴为轨范师，大住持扎巴喜饶为屏教师。受戒之后，他听从堪布珠巴喜饶之言，继续留在纳塘寺学法，亲手抄录了法称著广本量学《释‘量论》和克班旺波聂本的注释本，并以这个注释为基础在那塘寺内立宗论辩，由当时的阿黎阿巴亚乞而提作主持论辩的轨范师。
其后，他随纳塘寺卸任堪布珠巴喜饶听闻了许多教诫和灌顶，其中以具吉祥喜金刚灌顶为主。此外，他还随他得到诸如妙音女等许多护法神的加持和教诫，不空绢索之法乘．四个度母坛城，十六罗汉之神变，药王和实帐护法，以及在中观体系中著名的入发菩提心之律仪。
根敦珠巴在纳塘寺的成长过程中，有一位大师的名字常常伴随他左右，那就是珠巴喜饶。他成为根敦珠巴后来所取得成就产生重大影响的几位上师之一。对于他的恩情，根敦珠巴念念不忘。以后他专门造了一幅巨型画像，画面上这位大师居中而坐，周围是纳塘寺其他40位有恩于他的上师。根敦珠巴曾亲口告诉别人说，他一生中受过恩的上师大约有10位，其中这位大近执是具大恩大德的一位，其他两位具大恩大德的便是宗喀巴和喜饶僧格。
三、追随宗喀巴大师
藏历第七饶迥的阴木羊年（1415年），年已25岁的根敦珠巴在纳塘寺的大亲教师珠巴喜饶和阿黎罗丹巴，以圾领诵师曲喜的支持下，终于如愿以偿，来到了新兴的格鲁派日趋兴盛的前藏。
自1409年宗喀巴大师在拉萨举行万余人出席的大祈愿法会，检阅了新兴的格鲁派的大寺院——甘丹寺之后，格鲁派的势力在前藏蒸蒸日上，发展极为迅猛。根敦珠巴虽然没能赶上大祈愿法会这样的盛会，不免稍有遗憾，但此时来前藏投奔他心仪已久的宗喀巴大师麾下，也还算恰逢其时。不过，他并不是像贾曹杰和克珠杰那样持上师的昌珠寺以善巴钦波贡桑巴为师。学习因明和中观。他还作为噶当派的青年僧人到过在琼结县境内的噶当派的著名的古寺后波且寺，在那里他参加了当时最著名的萨迦派高僧戎敦释边坚赞举办的为期一个月的法会，学习《现观庄严论》。
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