从经济学角度讲，采取自愿标识制度事实上就是依靠市场进行规范，而强制标识是公共权利对市场的一种干预。前已论述，随着经济的日益社会化，转基因食品市场的生产者与消费者之间，存在严重的信息偏在问题，而这个问题是市场调节的一个盲区。诚如有学者所言：“在市场经济体制下信息问题具有私人占有、信息成本增加和信息高度分散等特点。由于信息的私人占有，且信息的提供是需要成本的，因此，如果不能获得利益，依靠生产经营者自发地提供信息似乎不大可能。另一方面，经营者可以利用信息优势，进行有利于自己的宣传。由此，需要从法律上，做出适当的制度安排，迫使经营者提供真实的信息，并禁止经营者利用信息优势，进行损人利己的宣传。”欧盟和日本采取的转基因食品强制标识制度，恰是采用法律手段对信息偏在的修正。有经济学者仅就转基因食品标识制度选择与消费者福利之间的关系进行经济分析后也认为，“采取不加贴标识的管制方式，由于信息不对称，消费者没有能力从外观上区分出转基因食品与非转基因食品的差别。拥有更多信息的厂商，必然有机会主义倾向，把转基因食品的价格定的和非转基因食品一样。因此，对于偏好转基因食品的消费者，由于厂商的机会主义行为，他将被迫付出与传统食品相同的较高价格，从而降低福利水平，而且这些消费者有可能买不到他偏好的转基因食品。对于不是特别拒绝转基因食品的消费者而言，他们愿意在价格适度降低时购买转基因食品，但由于没有加贴标识，也被迫在支付与传统食品同样价格的情况下承担了可能买不到转基因食品的风险。对于转基因食品持更大拒绝态度的消费者，由于恐惧转基因食品的风险，转向购买价格更高的替代品，同样造成了福利损失。因此，全体消费者均遭受了程度不等的福利损失。在自愿加贴标识的管制方式下，厂商将自己决定是否为转基因食品加贴标识。由于存在偏好转基因食品或愿意支付低价格来获得本不情愿的转基因食品的消费者，一些厂商会选择自愿为自己的转基因食品加贴标识，同时为自己的产品制定低于传统食品的价格。这时，如果厂商没有机会主义行为，则不会有消费者的利益受到影响。然而，由于信息不对称，将会使某些厂商采取机会主义行为，即由于缺乏强制而不加贴标识，并制定与传统食品相同的价格。在这种情况下，偏好转基因食品和对转基因食品拒绝态度不强烈的消费者可以购买转基因食品，不会有福利的损失。但对转基因食品拒绝态度强烈的消费者，要么承担买到转基因食品的风险，要么购买价格更高的替代品，必然造成其利益受损”。可见，从经济学角度来评判，实行强制标识制度优于采取自愿标识制度。
从法学角度看，转基因食品是否进行标识有两方面的法律效果：一是，对转基因食品法律规制的成效有决定性影响，倘若转基因食品没有标识，一旦出现安全性问题，管理者的处境将相当尴尬，因为其仅仅能知道该厂商生产的该品种有安全问题，也仅仅能对其采取限制措施，而到底有多少食品也是源于同类转基因原料，这些食品已经流通到何处，均无从知晓，势必处处被动，呈现救火队员形象；二是，决定着消费者的知情权和选择权，倘若可以对转基因食品不予标识，他们根本无法从物理外观上将转基因食品与传统食品识别开来，知情权将受到严重侵害，选择权更无从谈起。基于转基因食品规制原则和规制方法视角审视，欧盟和日本实行的转基因食品强制标识制度，以及美国实行自愿标识制度，都是其规制原则和规制方法的延续。欧盟和日本两国采取的规制原则是预防原则，其法律规制的前提是转基因食品存在安全隐患，因此采取基于生产过程的规制方法，希望通过对转基因食品的整个生产流程的控制，来实现有效预防其安全隐患的目的，倘若不对转基因食品实行强制性标识，那么基于生产流程的管理就将失去可追溯性，一旦出现食品安全事件，管理者将处于被动状态，将无法体现预防原则的精神，所以强制性标识成为必然的选择。美国对转基因食品的法律规制采取的是可靠科学原则，只要目前科学并不能证明转基因食品有害，就应当认为其无害，提出只要最终食品与同类传统食品没有实质性差异，就应当同等对待。
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