《公共政策研究丛书：国际防扩散机制与防扩散政策研究（以导弹防扩散为例）》主要由如下部分组成：国际机制理论分析框架；导弹扩散及其动因；导弹控制的多边核心机制；导弹控制的三大准机制；导弹控制机制的绩效评估；核大国（集团）的防扩散政策。基本的逻辑思路是：通过遴选和充实国际机制概念，构建国际机制理论分析框架，为导弹控制的绩效评估奠定理论基础。分析导弹扩散的历史与现状，探讨导弹扩散的动因，为导弹控制研究奠定背景基础。在论述导弹控制内容的基础上，对导弹控制进行绩效评估，对核大国（集团）的防扩散政策进行初步梳理，最后得出全书结论。具体来说，《公共政策研究丛书：国际防扩散机制与防扩散政策研究（以导弹防扩散为例）》的基本结构如下。
引论：作用在于提出问题，调研前人研究状况，设计研究思路和研究方法。
第一部分：国际机制理论与导弹扩散。本部分的主要内容是国际机制理论分析框架建构，导弹扩散的现状及其动因探析。本部分的主要目的是通过遴选和界定国际机制的概念，建立起评估国际机制控制功效的理论框架。国际机制是国际关系中的独立变量，具有相当的作用空间和合法性，但同时又存在内在的局限性。用国际机制研究导弹控制在理论上可行，在实践上有现实意义。在理论构建的基础上，从国家和地区两个层次上分析了导弹扩散的历史与现状，然后从理论解释、现实诱因和美国因素三个方面分析了导弹扩散的动因和根源。
第二部分：导弹控制体系。从导弹控制的多边核心机制和导弹控制的三大准机制两个方面系统论述了导弹控制体系。
MTCR是导弹控制体系中的多边核心机制，是研究导弹控制功效的关键。
本部分主要论述了MTCR的创立背景、机制准则的实现路径、MTCR框架下的国家出口控制等。准机制的宗旨是要克服和超越核心机制的局限性，不是要代替和削弱MTCR。本部分在分析机制控制内容的基础上，具体阐明准机制在哪些方面克服了核心机制的局限性，同时准机制自身又表现出了什么样的局限性，以此强调导弹控制的艰巨性。
第三部分：导弹控制制度的绩效评估。本部分将在搞清导弹扩散的历史与现状，探讨导弹扩散根源的基础上，利用国际机制的理论分析框架，结合案例研究方法，对导弹控制体系进行全面的绩效评估。
第四部分：核大国（集团）的防扩散政策。《公共政策研究丛书：国际防扩散机制与防扩散政策研究（以导弹防扩散为例）》选取美国、欧盟、俄罗斯和中国等核大国（集团），初步梳理这些国家（集团）的防扩散政策，阐明这些国家（集团）防扩散的目标、出口控制机制和出口控制法律法规建设概况，从而在“制度”与“政策”两个层面上对国际防扩散努力进行较为完备的研究。
结论：根据对导弹控制体系的绩效评估，得出全文的结论。
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