显然，科斯提出的解决负外部性的思路完全不同于庇古。但科斯的逻辑需要一个非常强的假设前提，即“交易费用为零”，而这个假设前提又恰恰在现实生活中几乎完全不能成立。现实世界中交易费用几乎总是大于零，任何交易都是要付出代价、耗费资源的。
在交易费用大于零的情况下，市场的交易成本不再是一个可以忽略不计的问题。事实上，科斯从未天真地认为交易成本可以为零，他对交易费用的研究的重点在于把交易费用因素引入经济学的分析，借以强调如何界定初始产权和产权初始界定合法性的重要意义。延续上面例子的思路，在A企业排放污染物对B企业造成负外部性和实际损害的条件下，污染权的初始界定是否恰当、合法、清晰，污染权的界定是给A企业还是B企业，都会产生截然不同的社会福利或效率水平。毫无疑问，最优的产权配置应当是交易费用最低的产权制度安排，这便是科斯第二定理的基本含义。在交易费用大于零的世界里，不同的权利界定，会带来不同效率的资源配置，最优的产权配置应当是交易费用最低的产权制度安排。
接下来就是碳治理中的交易制度的选择，制度选择的关键在于制度本身成本的高低，如果选择建立的制度成本过高或者收益远远小于成本，则不必建立新制度，而应该选择制度之外的其他政策工具。
1.3.5.2碳排放权交易
碳排放权交易是市场导向激励型减排政策的另一种重要形式，是一种数量控制型激励政策。可交易排放许可证政策基本原理是，由政府设定污染物所允许的排放上限，这个排放上限以排放配额的形式分配给或出售给排放者，用以表示排放一定量的特定排放物的权力。企业要求它们的排放与所持排放配额数量一致，企业排放总量不能超过所拥有的排放配额总量，需要更多排放配额的企业必须从那些需要较少的企业手中购买。排放配额的转移通过市场交易的形式完成，企业通过减排活动可以形成富余的排放配额，并将其出售可以获得一定的收益，这相当于排放者为了排放要支付一定的费用。由于只有那些减排成本最低的企业才能出售排放配额，因此，该政策在理论上可以实现既定减排目标的成本最小化。
碳排放交易机制是该政策的核心实施机制。1968年，美国经济学家戴尔（Dale）率先提出了排放权交易（emissions-trading program）的设计，他认为：碳排放权是权利人在符合法律规定的条件下向环境排放污染物的权利。如果允许这项权利在特定条件下进行交易，便成为可交易的排放权（tradable permits）。蒙哥马利（Montgomery）（1972）进一步对这一问题进行了深入的研究，用严格的理论模型解释了用市场化方式去有效解决各种污染负外部性成本的问题，增强了用产权措施解决污染问题的影响力。碳权交易的实质是把碳排放权视为一种商品，并采用市场机制管理的一种污染治理手段。从本质上说，它是一种基于产权的交易，其产生、发展以及应用都以产权交易理论为根本，着重通过外部性的内部化来解决公共资源的成本收益不对称问题，可以有效地解决由于外部性的存在，一些具有公共资源性质的商品无法有效界定产权，社会外溢成本无人承担，资源往往过度使用的外部性问题。
碳排放权交易可以通过市场发现社会平均减排成本，具有信息成本低、政治实施阻力小以及减排目标确定等优点。但该政策仍存在以下主要不足：首先，配额市场交易价格容易过度波动，不利于企业的长期减排投资决策。由于配额供给量在短期内是固定的，完全缺乏弹性，而由于排放配额需求涉及能源替代，而能源替代在短期是有限的，因此短期内排放配额需求也高度缺乏弹性。当经济发展的不确定性增加，经济波动很容易导致配额供需失衡，造成配额的市场价格容易过度波动。其次，排放配额一般根据过去某个基年的排放量在履约期前设定，排放目标无法根据经济增长、能源结构调整、科学技术的发展变化进行灵活调整以反映新的减排形势。再者，由于排放配额的稀缺性是人为制造的，当市场监管不严和竞争不充分时，将引发大量的寻租行为，降低了市场的有效性。最后，排放交易市场体系的建立和正常运转很大程度上依赖于良好的市场经济环境和健全的法规体系，同时，持续、准确的排放核查技术、设备以及有效行政主管机构也是排放交易市场建立和正常运转必不可少的条件等。此外，该机制还存在交易体系覆盖范围不全、初始配额分配有效性不高以及配额拍卖收入再分配等问题。
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