2．产权界定模糊，产权制度不完吾
一方面，集体经济象征着全民所有制，农民广泛参与且享有企业的所有权，是拉动农民致富，实现共同富裕的直接实践。但在现实中表现为口号上的是人人所有，而实际上是部分经营者所有。这种产权所有者的所有权不到位或者有名无实，使资产受益、重大决策和选择经营者等权力得不到落实。人民不能直接感受和拥有企业的资产收益，甚至对企业的劳动贡献也得不到合理的回报，久而久之，劳动积极性受挫，企业发展动力不足，农民对集体资产的增值失去信心，长此以往，最终导致乡镇企业的低效率，由此也决定了乡镇企业的低竞争力。另一方面，产权界定的不明确和监督机制的缺乏产生了“富方丈穷和尚”的现象，企业经营者负责企业的盈利，却不对企业的亏损负责，一旦亏损发生，经营者便将其转嫁给村集体，甚至有些经营者为了谋取个人私利损公肥私，侵吞集体资产，导致集体资产大量流失，乡镇企业的资产急剧减少，致使乡镇集体企业增长速度放慢，企业出现高负债率现象，甚至亏损倒闭。
3．’政企不分，乡镇企业缺乏自主经营和自负盈亏的机制
基层政府部门从行政管理者变为企业经济操作者，逐渐导致政企不分。政府对乡镇企业也几乎是无限责任制，甚至当有的企业亏损时，乡（镇）政府就用盈利企业的利润来弥补；政府想办一些公共事业就向企业摊派；也有一些干部与有关部门的“权力把关人”，把企业当成“唐僧肉”，为谋私利动辄就去啃一口，甚至可以毫不夸张地形容为“厂长负盈，企业负亏，银行负债，政府负责”。此外，政府直接参与经济活动的强势行为也在一定程度上抑制了市场经济的发展，不利于社会主义市场经济的建设。
4．乡镇企业的小规模与分散化逐渐不适应经济发展的需求
乡镇办企业，村村办企业，导致了乡镇企业的地域分散性及企业规模相对较小。乡镇企业发展初期，我国处于卖方市场，“船小好调头”的灵活机制也适应了短缺经济的需求，但当市场竞争加剧，乡镇企业便陷入困境。此外，乡镇企业的“散’’和“小”限制了其资源调配和利用的能力，不利于城乡资源的流动和城乡协调发展。地域的分割性还导致企业发展的成果很大程度上仅局限于本地，城镇化建设也局限在本区域之中，这在一定程度上制约着小城镇的建设和发展。
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