在实际业务中，收货人或其代理人提取货物的流程是由收货人或其代理人凭正本提单向船方的卸港代理人换发提货单，取得提货单后办妥有关手续（如海关、检验检疫手续）后到现场付清有关费用后提取货物。船舶代理人除凭正本提单签发提货单外，还存在凭保函签发提货单和在海运单和在电放情况下签发提货单的情况。
（1）凭正本提单签发提货单。除非船公司或装港代理另有明确的书面指示，船舶代理人应凭正本提单签发提货单。参照其他货运单证（主要是载货清单），船舶代理人必须对收货人或其代理人提供的正本提单中有关的船名航次、提单号、装货港和卸货港、货名、件数、包装、标志、重量、体积以及收货人名称等内容是否正确。除上述内容正确外，提单还必须正确背书和已收妥到付运费，船舶代理人才能签发提货单。
记名提单不可转让，空白提单不需背书即可转让，而指示提单（TO0RDER提单）可通过背书转让。背书是指转让人在提单的背面写上受让人或凭×××指示或不作任何记载，并盖章签字的转让手续，因此背书有记名背书、指示背书和空白，背书。在签发提货单时，如果提单是记名提单由记名收货人签字；如果是空白提单，提货人签字；如果是指示提单背书，也由提货人签字，这里的提货人是指最后的被背书人。在指示提单下，如果发货人遗漏背书，一般情况下，由发货人以书面确认形式解决；在特殊情况下，也可收齐全套正本提单签发提货单。
船舶代理人除非收到船公司或装港代理人“已收讫到付运费”的书面通知，原则上按舱单上载明的金额收取运费后，才签发提货单。如果舱单上未载明运费金额，船舶代理人应立即与装港代理人联系，得到书面确认收取运费后，才可签发提货单。
（2）凭保函签发提货单。船公司或船舶代理人签发提货单以提货人提交正本提单为交换条件。但是有时因提单邮寄延误，或提单遗失或被窃等，船舶已抵达卸货港时，收货人没有取得正本提单，这时收货人就无法以提交正本提单换取提货单提取货物。为了使收货人和船公司双方能迅速完成货物的交付工作，按照航运习惯，可由收货人出具保函，以保函交换提货单，然后凭提货单提取货物，这种交付货物的方式称为凭保函签发提单。在保函中约定：收货人保证在收到正本提单后立即向船公司或其代理人交回正本提单，对因未凭正本提单提货所产生的一切损失承担责任，并表明对于上述保证内容由有关银行与收货人一起承担连带责任。
在凭保函签发提下，如果提货人将正本提单缴回船公司或其代理人注销，其法律状态与凭正本提单签发提货单无异。如果提货人未将正本提单缴回船公司或其代理人注销，而将提单流转或质押，则船公司或其代理人将面临着提单持有人持正本提单请求提货的问题。在此情形下，提单持有人除可以船公司为被告提起违约之诉外，还可以选择船舶代理人为被告提起侵权行为之诉。
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