1994年7月，又有22家中国公司被确定为赴港上市的预选公司，但最终只有6家公司成功发行H股，此后有5家公司返回内地市场上市，加入到交叉上市公司的行列。在这一时期，国内国有企业正在实施战略性改组，企业的经营绩效表现不佳，同时，在香港市场，中国公司上市后业绩也下滑明显，投资者对中国公司的投资热情不高，这些因素影响了第二批公司交叉上市的进程。
1997年1月，国务院确定了第三批赴港上市的公司名单，其中有16家公司成功发行H股，一些公司陆续返回国内上市，成为交叉上市公司。这一年中国公司发行H股的规模、筹资比例都比较大。这里有外部因素的影响。由于这一年香港回归祖国，使香港市场上的中国概念股受到投资者的热情追捧，因此中国公司发行H股相对顺利，筹资额也相对高。
在这一阶段，中国公司交叉上市活动都是在政府主导下进行，公司本身基本没有话语权，政府实行的是分批推荐和预选制，并根据实际情况一年一批。这种政策直到1999年才变为“成熟一家，批准一家”。在这一阶段共有17家中国公司返回A股市场上市，成为交叉上市公司。3-2.2放缓阶段：1998-2005年
如前所述，1997年上半年，中国公司境外上市和交叉上市取得了一定成绩。然而好景不长，1997年10月，亚洲金融危机爆发，香港市场股指大幅下挫，中国国内经济也受到冲击，此后国内股市起伏不定，基本处于低迷的状态，中国公司交叉上市进程放慢。这一阶段，中国政府对中国公司交叉上市的政策也由原来的鼓励转变为限制，尽管这一期间也有变化，但总体上中国公司交叉上市的步伐放缓。
1997年10月亚洲金融危机爆发对香港资本市场造成了极大的冲击，投资者积极性严重受挫，H股市场人气极度低迷。这一阶段，中国概念股的业绩表现欠佳，其中不少的中国概念股跌破发行价。特别是，1999年“广信事件”给中国概念股造成了极大的负面影响，严重打击了投资者对中国概念股的投资热情，至此境外资本市场对中国公司大门紧闭长达15个月之久，境外中国公司回归的A股的进程也受到了挫折。这一时期，在国内，受宏观经济等因素的影响，中国股市也处于低迷状态，投资需求不足。中国政府相关部门审时度势，及时调整政策。1998年3月，中国证监会发布了《关于股票发行工作若干问题的补充通知》，原则规定发行H股的公司不再发行A股，发行A股的公司也不再发行H股。这个文件使得当时中国公司交叉上市活动几乎停滞，1998-2000年共3年的时间里只有两家中国公司返回内地A股市场上市。
由于中国概念股在境外市场融资活动严重受阻，企业生产经营困难，为了企业发展的需要，中国政府的态度开始有所转变。2000年4月中国证监会颁布了《上市公司向社会公开募集资金股份暂行办法》，鼓励H股公司在中国国内增发A股，表明前期的限制政策开始松动。2001年11月，《关于上市公司涉及外商投资有关问题的若干意见》的发布体现了政策的转变，中国公司交叉上市活动又有所升温。这两个政策出台背后的原因是当时的H股市场处于低迷状态，严重影响到中国H股公司的再融资能力。这一时期，在国内A市场上出现一波牛市行情，网络科技股的崛起带动了国内股市大幅攀升。国内A股市场的这一波“519行情”，也是这两个政策出台的原因。受此政策的鼓舞，2001年至2002年共有8家公司从香港的H股市场返回内地A股市场上市，交叉上市公司继续增加。值得一提的是，2001年中国石化在A股发行28亿股，是中国募集资金首次超过百亿元的交叉上市公司。
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