但是，这样一个近乎完美的设计也存在多个委托一代理关系。其中，最重要的一个就是LP和GP之间的委托一代理关系。因此，有限合伙制企业同样存在治理的问题。
在有限合伙制私募股权基金的运作中，普通合伙人（GP）从有限合伙人（LP）手中筹集资金，再将资金投到各个目标企业中以获取回报。在此过程中，GP经营并管理着合伙企业的资金，而LP却对每个投资项目的具体操作缺乏监控，形成了GP与LP的信息不对称，由此即形成了基金投资者与基金管理者之间的委托一代理关系。
由于GP与LP之间存在着严重的信息不对称，因此掌握较多信息的一方，即基金管理者就有可能产生某种机会主义行为，从而损害掌握较少信息的一方，即基金投资者LP的利益。因此，在基金的运作过程中就不可避免地会出现所谓的逆向选择和道德风险问题。
逆向选择是指交易发生之前，拥有较少信息的一方不能察知拥有较多信息一方的真实情况而倾向于作出错误的选择。在基金投资人选择基金管理人时，由于基金管理人的能力是一种隐形的人力资本，所以基金投资人很难甄别基金管理人的能力大小。投资人只能根据管理人过去的业绩和自我推荐来作出决定。在这种情况下，基金管理者为了获得投资人的青睐，就有可能宣扬其好的一面而隐瞒其不好的一面。最后，真正有能力的管理人就可能被埋没。长而久之，投资人因无法找到有能力的管理人而失去信心，不得不退出这个市场；而基金管理人也因为募集不到资金，不得不关门停业。这就是私募股权基金运作过程中独特的逆向选择问题。
道德风险是指在契约签署后，信息较少的一方因无法观察到另一方的真实行为而可能蒙受的损失。LP与GP签署合伙协议并将资金交给GP后，由于信息不对称和相关的法律规定，私募股权基金就会出现事实上和法律上的内部人控制。事实上的内部人控制源于股权投资的高度专业化所带来的信息不对称。由于缺乏专业知识和对被投资企业的了解，LP基本不具备对投资项目的审查和监督的能力和机会，而GP就拥有了私募股权基金的事实上的控制权。另外，根据法律规定，在有限合伙制基金中，IP以出资为限承担有限责任，GP承担无限责任。因此，根据权利与义务相匹配的原则，GP负责基金的日常经营活动，LP不能擅自干预。这就形成了私募股权基金的法律上的内部人控制。无论是事实上的内部人控制，还是法律上的内部人控制，都极易产生基金管理人的道德风险。10.2私募股权基金的治理问题研究为了解决私募股权基金的委托代理问题，就需要基金投资人和基金管理人双方都要付出努力或者成本。
为了解决私募股权基金融资过程中的逆向选择，作为投资人就需要对私募股权基金管理人的能力和基金的未来发展做出甄别。Duan（2011a）讨论了新设基金的评价问题，并且建立了评价指标权重确立的AHP模型。此文对基金管理人的综合评价具有一定的参考价值。
私募股权基金的管理人为了使自己的能力能被投资人识别，可以使用信号传递机制释放一定的信号，让投资人了解其能力。采用有限合伙制本身就是一个信号，因为作为GP的基金管理人，一方面也要出资（尽管只占基金总额的1%～2%），另一方面还要承担无限责任，这就表示他们会尽心尽责地做好基金管理工作，否则他们将一无所有。另外，同意采用基于绩效的报酬激励机制也是一个信号，因为这样一来，如果他们干的好，绩效好，他们就可以得到较高的报酬激励。所以，这一机制表明，基金管理人将会努力工作，力争取得好的绩效。为了解决私募股权基金经营过程中的道德风险，投资人须从合约上以及制度上人手，着重从以下几个方面进行治理。
10.2.1建立对基金管理人的监督机制
投资入可以要求基金管理人定期对基金的运作情况进行披露以实现对基金管理人的监督。另外，本文认为，通过信息披露基金管理人也可以达到向投资人传递信号的作用。所以，基金管理人不应将信息披露看成是负面的东西。当然过度的披露将导致投资人对基金的过度干涉。如何掌握信息披露的程度，什么信息该披露，什么信息不披露确实是LP和GP需要共同讨论的问题。为了协调LP与GP之间的争论，美国的私募股权行业指引小组PEIGG曾编写了“私募股权报告与绩效评价指引”，对GP信息披露做出了规范性的指导。
10.2.2基于绩效的报酬激励机制
这一机制不仅可以解决逆向选择的问题，也可以成为解决道德风险的重要制度。实施与努力程度挂钩的报酬激励机制可以使基金管理人完全释放其人力资本，减少偷懒和工作不作为行为。
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