军机处设于近御之处，可以随时召见、任使军机大臣，便于皇权行使。另外，军机章京夜值，以便皇帝随时处理紧急事件，主要是军务。
军机处重点处理机要政务，一般例行公务仍由内阁，内阁与军机处长期并存，有分工作用。军机处设立后，内阁决非闲曹，仍有大量政务，只是例行公务。其机要政务，由皇帝划归军机大臣协助处理。这与清代皇帝乾纲独揽、清代需皇帝处理的政务较明代繁多（边疆民族事务、八旗事务、人口倍增造成的社会问题及需光帝判决之死刑案件等事务大增）有关。所以，军机处的设立及其与内阁并存，有分工之作用，也体现了清代皇帝利用军机处重点专断机要大政的特点。
军机处有内阁分局之称，也可以说是内阁处理机要政务的分出机构。军机处分割内阁撰拟上谕等职掌，但并非削弱内阁大学士权力，因为内阁大学士又任军机大臣、领班军机大臣，在军机处设立至清亡这一百八十余年中，除同治元年至十年、光绪二十一至二十三年这十几年外，大学士常年在军机处任军机大臣者，少则一二名，多则三四名。大学士在内阁、军机处两处有职，实际上权力增大了。
军机处虽总掌军国要政，但非正规衙署，军机大臣是兼职而非专官，职掌亦非法定专职，军机大臣之任用与否，职司何事之交办，都掌握在皇帝手中，因而军机大臣虽参与机要密务，但仍无往代王朝宰相之权。
（4）在官员任用上采取集权。
①清代对高级官员的选任，废除明朝的会推制，而由吏部将有资格者全部开列，提供皇帝圈定。凡差职：会试、顺天乡试主考官，殿试等阅卷官，各省学政，关差由内务府人员选补者，缺出，亦开列名单，供皇帝选派。边疆民族地区例应定期轮驻之大臣，军机大臣提供有关情况，以备皇帝更、调。
②中级官员实行引见制，由皇帝决定正、陪中的某人，或提出任命其他人。
以上两方面皇帝在选官上的集权，详见本专题第三节“官员选任制度”之（三）“清代的官缺制及官员的升迁调补”之2“不同档次官员的不同选任方式”。
（5）勤政、乾纲独揽。清代皇帝以勤政为帝王行使皇权的家法，办理政务事无巨细、乾纲独揽。尤其是亲自处理题本、奏折。康熙时皇帝几乎天天御门听政，雍正后至清末，皇帝每日与军机大臣办理机要政务，因而军机大臣须每日进宫，以待皇帝召见。
（6）君臣关系呈主奴性。清代由于带人满族落后的奴隶制因素，君是主子、臣下是奴才，臣下对皇帝俯首服从。因而清代犯颜抗争、指摘皇帝过失、廷谏的情况极少。多唯诺服从者，少刚直、节操之臣。明代集体进谏、抗旨的现象，清代不再出现。
（7）严厉制约太监、外戚，制裁、打击擅权之外戚，维护皇权的专制性。清代宫中设内、外奏事处，外部官员只能与外奏事处人员发生联系，不得与内奏事处太监接触，以防止皇帝身边的太监与外部官员勾结。并严惩泄密太监，违反者杖毙。清代不摒弃外戚而且利用外戚辅政，但管束非常严厉，如外戚权臣索额图、明珠、年羹尧、隆科多，都因结党、擅权或违背皇帝意志而被严厉惩治，甚至处死。清代也没有发生往代的宦官、外戚乱政乃至挟制皇帝的现象。
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