与明代不同，晚清局所种类繁杂、功能广泛、数量众多，虽然堂而皇之地处理诸多重要事务，维系着直省各级官衙的经济、军事、外交运作，却长期未被纳入正式职官建制。光绪朝前期至中叶，清廷三令五申裁撤整顿，成效甚微。
晚清局所最早起自何时，因官书无确切记载难征其详，但与鸦片战争前后内外战事开展、战后秩序重建有关，则大体不差。据《清实录》，道光八年（1828）琦善所奏已出现善后局的称谓[1]，咸丰初的奏章显示，此时东南沿海各督抚的军营里，也有为军需供应而设置的局所，如军械所、火药局、报销局等。[2]与此同时，东南各省因战乱导致衙署焚毁和人员逃亡，不能正常维持行政运作，也设置了一些临时机构，以设局办事之名，处理相关军政事务或善后。为维持地方治安，防止匪乱殃及无辜，各省大都在这一时期设置了保甲局，不少还延伸至州县。
光绪十年（1884）底，户部曾在一份筹划军饷的复折中提及：“溯查设局之始，咸丰年间各省未经收复，地方不能不设局办事，且为设局以破衙门官吏窠臼。”[3]宣统年间，直隶谘议局议员也追溯：“局所之设，原于咸同之际为行军一时权宜，非国家法定官制。自是厥后，时局日变，旧有之官不周于用，局所之设愈多。”[1]两说不仅分别代表了朝野的看法，时间上也均与宋晋奏疏相佐证。故道光年间虽已有善后局之设，但咸丰时期才出现较多的军政类局所，起因则是战乱使得各地官衙遭到破坏，不得不打破成规，权宜行事。
善后局在军兴时各省所设局所中颇具代表性，不仅涉及战事的相关各省普遍设置[2]，而且管辖范围较广，权力较大。战事平息后，善后局职能大体依循善后和重建两方面延续拓展。每逢变乱，往往设局善后，如八国联军撤兵，顺天府尹陈夔龙奏报，为安抚流民及乱后重建，惟有设立善后总局，将从前之各局所一律暂行裁撤，统归善后总局办理”。[3]其主要任务是在督抚主持下，统筹军需物资、安置流民，核实与造报军队及各级官员死亡失踪人数，抚恤阵亡者家属，并采取各种措施，调集人力物力，恢复和维持社会秩序。陈夔龙就任湖北巡抚，奏陈“湖北善后局收款向以盐课厘金为大宗，所有供支京饷、协饷、营饷以及杂支各款，均仰给于此。”[4]说明这一机构掌握该省财政大项。
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