新文化派对于袁世凯等人的上述主张和行为持坚决反对态度，认为这不仅与现代国家的通行做法不合，而且也与信仰自由等基本民权相冲突。
陈独秀先后发表《驳康有为致总统总理书》、《宪法与孔教》、《孔子之道与现代生活》、《再论孔教问题》、《旧思想与国体问题》、《复辟与尊孔》等，反对将孔子写入宪法，反对定孔教为国教，将孔教与复辟帝制并联在一起，从而在政治上置孔教于反面地位。“孔教与帝制，有不可离散之因缘；若并此二者而主张之，无论为祸中国与否，其一贯之精神，固足自成一说。”②“盖主张尊孔，势必立君；主张立君，势必复辟，理之自然，无足怪者。”③在陈独秀看来，利用孔子来搞复辟的袁世凯和张勋、康有为虽然失败，“而共和之名亦未为能久存，以与复辟论相依为命之尊孔论，依旧盛行于国中也。孔教与共和，乃绝对两不相容之物，存其一，必废其一”，因此，“信仰共和，必排孔教”。
在新文化派中，李大钊对孔子和儒学的批判最有分寸。他撰写了《孔子与宪法》、《自然的伦理观与孔子》两文，提出孔子与宪法的区别：一，“孔子者，数千年前之残骸枯骨也。宪法者，现代国民之血气精神也。”二，“孔子者，历代帝王专制之护符也。宪法者，现代国民自由之证券也。”三，“孔子者，国民中一部分所谓孔子之徒者之圣人也。宪法者，中华民国国民全体无问其信仰之为佛为耶，无问其种族之为蒙为回，所资以生存乐利之信条也。”四，“孔子之道者，含混无界之辞也。宪法者，一文一字均有极确之意义，极强之效力者也。”④同时，他又明确将孔子本人与被偶像化的孔子区别开来：“余之掊击孔子，非掊击孔子之本身，乃掊击孔子之为历代君主所雕塑之偶像的权威也；非掊击孔子，乃掊击专制政治之灵魂也。”①把孔子本人与被后来历代君王所利用之偶像化的孔子区别开来，实质上明白宣示，新文化运动的批孔，并不是为了批判孔子本人，而是反对北洋军阀和旧势力利用孔子的招牌来搞复辟、实行专制。事实上，陈独秀、李大钊等新文化运动的主要领袖人物，在表面上批孔的同时，内心深处却继承了孔子所创立的儒学学派的优秀传统，以天下为己任，以天下为公，追求大同社会的美好理想。正因为如此，在五四运动之后，他们能够率先顺应世界潮流，迅速转向马克思主义，使中国近代历史进入一个崭新的时代。
但是，也必须看到，这场新文化运动也存在着一些不容忽视的问题。
一是话语权完全丧失。新文化派无论是批判儒学也好，还是阐释其现实政治社会理想也好，几乎一切以西方文化为标准。在他们看来，中国文化仍是一种古代文化，古代文化就是落后的文化，属于应当被淘汰的对象，只有学习西方，才有出路。二是思维方法过于简单化、绝对化，非此即彼，把西方的一切都看成是好的，而把中国的一切都看成落后的、过时的、坏的，西方人都是自由、民主、平等、理性的，而中国人则都是专制、奴性、等级、愚昧的。三是过于强调思想文化，把精神看成是社会进步的唯一要素，而没有意识到当时的中国之所以出现那样的乱象、险象，真正的原因是帝国主义的侵略和军阀官僚的压迫，而帝国主义和军阀官僚都是实实在在的物质力量，在中国社会政治、经济生活中起着统治作用，光靠文化之力是无法将之打跑的。四是对传统文化贬抑过甚，把中国数千年历史文化概括为“吃人”，把中国有史以来的政治体制说成是“专制”，把孔子等中国文化的重要代表人物描绘成僵死的“化石”、过时的古物，希望将之彻底批倒批臭。他们没有意识到，任何一种文化都不是哪一位“圣人”凭空创造出来的，任何一种政治制度都不是哪一位统治者随心所欲制定的，它们都是一个民族长期经济社会和政治生活经验精华的总结，包含着许多超越时代的、永恒的价值。这个特点对于一个曾经创造了长期领先世界文明的中国文化来说，更为突出。因此，随着时代的发展，我们古代老祖宗创造的一些有用的价值，可以经过适当的修正和发展之后，继续起到维系人心和指导社会的作用。
……
展开
