现阶段社会各界对改革的顶层设计渐次达成共识，但对顶层设计主体的认知存在一些误区，认为顶层设计是特定主体的事。就党委和政府而言，省（区、市）认为顶层设计是中央的事，地级市（区）认为是省（区、市）的事，县（区）认为是地级市的事，乡镇认为是县（区）的事。观望和等待上级出台改革方案，很容易贻误改革时机。仅就国有企业而言，国有企业认为顶层设计是国资委的事，国有企业分支机构或子公司则认为是总公司的事。这样又延缓了国有企业改革的进程。
顶层设计是一个相对的概念，不同领域与不同部门具有不同的顶层设计，不同层级的政府具有不同的顶层设计，不同单位与不同组织具有不同的顶层设计。因此，不只是中央政府面临改革的顶层设计问题，各个层级的政府都有改革的顶层设计问题，甚至各个单位、各个企业也有改革的顶层设计问题。
顶层设计并非没有限制，不是所有领域都适宜顶层设计。第一，市场能充分发挥作用的领域不适宜顶层设计。顶层设计说到底是一种决策方式。改革实践证明，政府并不能确保资源配置效率在所有领域达到最优。第二，缺失客观动力的改革领域需要顶层设计。有强大改革动力和积极性的，可在局地自发推动或自主试验。第三，重要领域和关键环节的改革需要顶层设计。如行政体制改革、主体功能区建设和金融监管等。
值得注意的是，在进行顶层设计时，地方大多照抄中央文件，各地在进行改革的顶层设计时，亦将经济体制改革、民主法制领域改革、文化体制改革、社会体制改革、生态文明体制改革同步推进，普遍缺失对改革优先序和时间序的系统研究和思考。因而，各地应根据自身经济社会发展水平和资源禀赋，确定改革的顶层设计的优先序。如上海市市场化程度相对较高，市场在资源配置中的作用发挥较好，因而应重点加强对文化体制改革和生态文明体制改革的顶层设计。
全面深化改革肇始之年还有另外一种现象，即各地在进行顶层设计时，主要依靠政府综合部门，行业主管部门，党委、政府研究室等机构，体制外的民间新型智库和社会民众参与有限。这容易导致顶层设计缺失科学性和公平性，忽视部分群体的利益，改革方案实施也会因缺乏广泛的民意基础而无法得到最大程度的支持。因此，改革的顶层设计应发挥新型智库作用。新型智库主体包括民间智库。民问智库既具有专业优势，又能在一定程度上确保价值中立，规避既得利益者的影响。新型智库有能力研判经济社会大势，及时发现、研究重大问题，提出既有前瞻性和战略性，又有针对性和可操作性的对策。在进行顶层设计时，可同时委托新型智库提出某一领域或某项改革的方案，通过比较选择最优方案，进而从容策应。
三、重塑公众对改革好处的预期
在全面深化改革的总体部署下，近期涉及不同领域的改革举措密集出台。从行政体制到科技体制改革、从金融体制到财税体制、从医药卫生体制到社会保障制度，均旨在重塑公众对改革好处的预期。从转变政府职能、财税金融价格改革等诸多方面明确了深化改革重点。
演化和落实深化改革重点任务之际，例行的国务院常务会议，确定进一步减少和规范涉企收费，涉及正税清费、建立涉企收费清单管理制度、清理规范行政审批前置服务收费，特别是，新设涉企行政事业性收费和政府性基金项目，必须有法律法规规定。
而在众多措施的一些细节上，发挥中央财政引导资金“四两拨千斤”作用，需改革政府投入方式，从而带动各方资金特别是商业资金用于创业投资，高层已全面共识。如大幅增加国家创业投资引导资金促进新兴产业发展，成倍扩大中央财政新兴产业创业投资引导资金规模，加快设立国家新兴产业创业投资引导基金等举措，让公众感觉“山雨欲来”！
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