挑起太平洋战争的日本做梦也没想到，对美开战不过半年，他们在太平洋战场的颓势已经不可逆转：先是在5月的珊瑚海海战遭到挫折，旋即于6月的中途岛海战遭到惨败，后于1942年8月至1943年1月的瓜达尔卡纳尔岛争夺战又以惨淡收场。一系列的失利或惨败不但让日本丧师失地，而且还迫使该国改变策略。作为日本“大东亚战争”的急先锋，日本海军经过长期消耗，丧失了发动大规模进攻的实力，遂放弃原有的战略进攻，并对原有的作战方针作出变更。1943年3月25日，大本营下达《大海指第209号》，正式提出实行第三段作战。该指令要求“帝国海军第三段作战中之作战目的，乃击灭来犯东亚海域之敌舰队及航空兵力，并迅速切断敌军海上运输线，以确立帝国自强必胜之战略态势，粉碎敌军之战斗意志”。此外该指令还要求“相机奇袭击破敌舰队之前进根据地，攻略或奇袭攻下所需之战略要点，及粉碎敌军之进攻企图，防患于未然，以图引出敌舰队并予以捕捉击灭”。
就在日本人幻想如何“击灭”美军太平洋舰队的时候，太平洋战场之恶化已超乎日本人的想象：1943年4月联合舰队司令长官山本五十六大将（海兵32期，海大14期）殒命于布干维尔岛上空。同年5月美军在北太平洋展开反攻，一举收复阿图岛。7月，日军从基斯卡岛顺利撤走守备部队，也结束了日本对阿留申群岛部分岛屿的占领。另外，盟军在所罗门、新几内亚展开反攻，先于8月夺取新乔治亚岛，后于9月收复萨拉莫阿、莱城。在盟军的重压之下，日本大本营在8月相继下令从中部所罗门群岛以及新几内亚的萨拉莫阿、莱城撤兵。
联合舰队鉴于形势的恶化，于8月15日下达《联合舰队第三段作战命令》、《联合舰队z作战要领》等命令指示。按照这些命令，联合舰队将在所谓的内南洋方面集中大部分兵力，支援南东方面、内南洋方面的部队，准备迎击反攻的盟军舰队。
如上文所述，-战争形势的恶化迫使大本营制定新的战争指导方针。1943年8月14日大本营的陆军部（即参谋本部）和海军部（即军令部）进行联合兵棋推演，9月初大本营提出“敌情判断”。同月15日日本陆海军两位总长杉山元陆军大将、永野修身大将向天皇上奏《关于今后作战之件》，提出了巩固加罗林群岛等要地的防备。9月30日御前会议在大本营上奏文件的基础上制定了《今后所采纳之战争指导大纲》。这份大纲提出了“帝国在完成战争之基础上，于太平洋及印度洋方面绝对确保包括干岛、小笠原、内南洋（中西部）及西部新几内亚、巽他、缅甸在内之圈域”。这个所谓的“圈域”即后人所熟知的“绝对国防圈”。同日，大本营下达《大海指第280号》。该指令附件、《中南部太平洋方面作战陆海军中央协定》，要求陆海军中部太平洋（加罗林群岛、马绍尔群岛、马里亚纳群岛和吉伯特群岛）、南太平洋（新几内亚、所罗门等地）和澳大利亚以北防御盟军反攻。
就在日本忙于调整战略部署之际，美军却不断地发动反攻。1944年1月30日起，美军空袭马绍尔群岛，2月1日登陆夸贾林、罗伊岛。2月l8日美军登陆沃莱艾（Woleai）。2月17日至18日，第58特混部队空袭联合舰队重要基地特鲁克，击毁大约300架飞机，击沉和击1=；j22艘舰艇，击沉30艘船只（另2艘搁浅）。特鲁克遭遇空袭极大地冲击日本政府和大本营，陆军主张放弃马里亚纳并强化特鲁克的防御，海军则是主张加强两地的防御。然而到了23日，美军空袭马里亚纳群岛，不但重创了1航舰，而且迫使日本重视对马里亚纳的防御。2月29日，联合舰队司令部跟随旗舰“武藏”号战列舰转至帕劳。3月8日，古贺大将下达《机密联合舰队命令作第73号》，即实行z作战，一改在马绍尔群岛邀击的原有战略，而是计划在马里亚纳和特鲁克反击美军。
不过，情况又发生了改变。3月26日，特鲁克方面侦察机在特鲁克以南大约550公里发现美军特混部队，28日沃莱艾的侦察机在基地以南740公里发现美军特混部队。3月29日，联合舰队旗舰“武藏”号战列舰为了躲避即将来临的空袭，在敌17驱逐队掩护下驶离帕劳，联合舰队司令部则转移至帕劳岛上。 “武藏”号离开途中因美军潜艇“金枪鱼”号（L〕SS Tunny，SS．382）的袭击而被一条鱼雷击中前舷。这次袭击导致“武藏”号上人员7死1 1伤，并且在驱逐舰伴随下返回吴进行维修。次日至31日，第58特混部队空袭帕劳。31日夜，联合舰队司令长官古贺峰一大将、参谋长福留繁少将以及其他幕僚分别搭乘851、802航空队的大艇，准备转移至塞班岛。在前往达沃（Davao）进行补给的途中遇上低气压，其中古贺大将乘坐的851航空队的大艇失踪，无人生还。福留乘坐的8 01航空队的大艇迫降在宿务岛，他和其他幸存者被岛上的菲律宾游击队俘虏，虽然最终得以被释放，但他所携带的《z作战指导腹案》也被游击队收缴并转交至美方。这起事故被日军称为“海军乙事件”。对联合舰队而言，一年之内损失2名司令长官和他们的幕僚不啻是毁灭性打击，作战命令被交战对方收缴更是让情况雪上加霜。由于古贺的身亡，南西方面舰队司令长官高须中将在4月2日代理指挥联合舰队。4月20日，丰田副武大将被任命为联合舰队司令长官。
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