1月10日，张发奎遵命将广东指挥权移交，即于11日回始兴老家休息，不愿再作冯妇前往桂南。蒋介石、陈诚、白崇禧连番来电规劝，张发奎不得不摈除成见，抱着为国家民族牺牲之决心，委曲求全地再干。桂南会战失利，白崇禧以督率不力降级，陈诚以指导无方降级，张发奎自请记过，也算是兄弟情深同进退。
1940年6月，重庆以一个战区不便在二个不同的正面指挥作战为由，将广东方面单独划开为第七战区，两战区分界线为电白、茂名、信宜相连之东北县境迄粤桂边境相连之线，以东地区及海南归第七战区，以西归第四战区。8月，余汉谋正式担任第七战区司令长官。这也是张发奎本人的意思，他后来回忆说： 鉴于余汉谋观念封建，我想还是我离开广东为妙，当然我是很不开心的。我这个第四战区司令长官，名义上和责任上虽然指挥两广地区对日作战，实际上，蒋先生赋予我所指挥的始终只是两广的一隅。在1940年1月7日前，命我将桂南交桂林行营指挥，我所指挥的就只广东一隅，1月7日后又命我将广东交给余汉谋，而再把桂南交回我。说来说去，都好像是一个笑话。
张发奎和余汉谋“分家”的同时，桂林行营亦宣布撤消，白崇禧回到重庆专任副参谋总长，但他仍然“遥控”广西的党政军事务。重庆将桂林行营一部改编为国民政府军事委员会桂林办公厅，安置李济深为主任，这一机构并无实权，完全是因人而设。
张发奎的第四战区司令长官部位于柳江之滨蟠龙山麓一处废弃兵工厂内，他在临江处筑起一座小楼，平时就住在一艘长约20米的木艇上。张发奎平日行事很低调，有时去看市容，也只有一个卫士跟着，别人很替他担心，他却总说不打紧。一日三餐多是二荤一素一汤，没有特别的菜肴，而且常与副官、秘书一起进餐，毫无架子。就是烟瘾特别大，每天起床之后，滴水未进，便开始抽烟，据说一支接一支地抽，要直到睡觉时才停止。张发奎还有个特别爱好，平日不论寒暑，要在凌晨跑马，新任战区参谋长吴石性寡言笑，但也爱骑术，于是少不了双双驰骋，彼此角逐。吴石这个人可不简单，咱们不妨多扯几句。第四战区参谋长原为陈宝仓，陈是河北人，保定军校第九期工兵科出身，当初是陈诚推荐给张发奎的。由于跟不上陆大毕业生出任参谋长的潮流，张发奎委托桂林行营参谋长林蔚物色新的人选，林蔚推荐桂林行营参谋处长吴石升任。吴石是福建福州人，保定三期、日本陆军大学毕业，被称为“十二能人”：能文、能武、能诗、能词、能书、能画、能英语、能日语、能骑、能射、能驾、能泳。或许是受保定同学吴仲禧影响，他对中共向有好感，1947年4月与中共正式建立联系，国民党败退台湾后，吴石官至“国防部参谋次长”，1950年因事发被台湾当局执行死刑。
蒋介石和白崇禧的指示，张发奎无不顺承听命，照章办事，特别对于广西的地方行政，从不过问，以“张公百忍”为上策。他常对人说：“以我过去历史，安敢再作过分之想，这个残杯冷炙，实已受赐多多。”与世无争的张发奎也有忍不住的地方。余汉谋的宪兵队护送鸦片从韶关运到粤桂边区，主张禁烟的张发奎电令第64军第155师师长邓鄂查扣鸦片，邓师长表示难以执行，毕竟张长官到两广是客卿性质，余长官才是“南天”一方之主。张发奎当即发问：“你是我部下还是他部下？”邓鄂答道：“军事行动上绝对服从张长官命令，其他事务不能遵循。”张发奎十分气愤，本想惩罚邓鄂，但邓的兄长邓龙光是李汉魂的莫逆，李汉魂又是自己的铁杆兄弟，事情只好不了了之。另一次震怒发生在1941年6月。那时节柳州阴雨连绵，司令长官部附近的军械库炸药受水浸，起化学反应，洞库持续冒白烟。中校库长姓何，据说唤何应钦叫叔叔，何库长对这事很不重视，等烟雾一天比一天浓，他才打算将炮弹搬出。但为时已晚，洞内温度不断升高，人员不能进出，炮弹无法及时转移。张发奎知情后，天天派副官处去人了解情况，何库长总是三个字：“没危险！”30日那天，“轰隆”一声巨响，蟠龙山顿时天昏地暗，硝烟弥漫，洞库炸飞了天。
张发奎气的要法办何库长，何应钦屡次函电解送重庆讯办，甚至不惜以军委会的名义下令解渝。张发奎顶住压力，坚持到底，硬是把库长给毙了。P16－17
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