《黑色“海盗船”》是一部情节曲折令人震颤的长篇科幻小说。21世纪20年代，世界范围内的海洋资源遭到一些以牟取暴利为目的的犯罪集团的严重破坏，许多海洋珍稀动物面临灭绝性的捕杀。为了制止犯罪，保护人类家园，各国政府和联合国“绿色和平组织”采取了一系列措施，但无法遏止愈益猖獗的犯罪活动。具有强烈正义感的“绿色和平组织”成员沃森因此愤然辞职，变卖家产购买了著名的“彩虹勇士”号炮舰，同不法分子展开了殊死搏斗。这艘巡游于世界海洋的炮舰，悬挂着“海盗船”骷髅旗，用一发发炮弹击沉一艘艘捕鲸船、猎豹船，让狂屠滥捕的暴徒们闻风丧胆。各犯罪集团利用不明真相的人们的支持，调动特混舰队对之进行疯狂的“围剿”，但一次次被各种神秘的力量阻止，“彩虹勇士”号一次次逃出险境，在汹涌的波涛中凛然航行。

    忍气吞声的沿途市民伸张正义，沃森提议惩治“地狱天使”。于是，浩浩荡荡的“地狱天使”在结束旅行回国途中，便遭到“班迪多斯”夜晚伏击，枪弹横飞中人仰马翻、落荒而去。但是现在…·”既然有志于绿色和平事业，就要遵循组织戒规。这实在是没有办法的事情，羔羊就羔羊吧，他只能硬着头皮强迫自己克制、隐忍。当然再隐忍也毕竟有个达限的时候，就他那性格而言，怎么能永远做到忍得住呢？比如此刻智利船员用竹篙木棍浑敲乱戳，自己和十几名同伴都已数度落水，满额红包、遍体紫痕之刻，再让他死肉一样挺着挨着似乎便过于强人所难了，所以当一个家伙太过穷凶极恶时，沃森终于还手了，他一把抓住竹棍狠命一扯，那家伙收不住脚一个前冲扑向船舷，随后便大头冲下栽进海里。沃森一扬手，将粗长的竹竿抛向远处大海。所谓“还手”，实际上也就仅此而已。就这样，他还受到了几个同伴同时发出的提醒与警告。他仰天无声地长长一叹，就此不再“还手”。
    在他长长一叹、黯然神伤的一刻，智利船长所感到的，似乎同样亦是一份相同又绝然不同的无奈，面对锚链上“殉道者”无言的坚忍，他不能不先自“投降”——精神上告饶了。他喝回挥舞竹竿棍棒的船员，低头伏首地走过去同沃森进行谈判。谈判的情形是颇为荒诞的。船长站在船头上，俯着身、撅着腚，而沃森则似斜挂在锚链上，被一根绳子拦腰捆着，浑身水淋淋似只落汤鸡，额头上鼓着几个红肿的大包，无疑那是长竹竿留下的颇令智利船长难堪而无疑会颇令那些摄影记者兴奋的印迹。智利船长暗骂船上这帮蠢货当真愚不可及，你戳哪里不行，敲哪里不行？非要叫他明处挂出彩来。见身边有个水手手持大竹竿仍傻头傻脑地站着，气不打一处来。

第1章 海之子——“锚链上的沃森”
第2章 “彩虹勇士号”和一张报纸
第3章 “鳕鱼号”
第4章 死亡墙
第5章 血洗海豹群
第6章 触犯戒规
第7章 “绿色武装组织”——沃森宣言
第8章 黑色“海盗船”
第9章 沃森后来生活中的重要人物——乔恩
第10章 出海
第11章 中国船员陈
第12章 “约拿号”
第13章 大鲸水道
第14章 关于捕鲸这一行当
第15章 追击
第16章 第七头大鲸
第17章 乔恩与“酋长”的交谈
第18章 “海神
第19章 大鲸群
第20章 龙涎香
第21章 击沉“秃鹫号”
第22章 说起陈的家乡
第23章 杰妮的海豚
第24章 马六甲海盗
第25章 “国王磨坊号”
第26章 鲸排
第27章 爱斯基摩人的芬芳之殓
第28章 大鲸葬礼
第29章 风暴
第30章 海豹岛
第31章 第一顿早餐
第32章 居所与食物
第33章 大船
第34章 分手
第35章 一意孤行
第36章 海墙
第37章 老鲸
第38章 旧鱼叉头
第39章 陷入重围
第40章 幽灵潜艇
第41章 沃森和陈对“幽灵潜艇”的猜测
第42章 “打谷机号”行动
第43章 神奇的鲸尾
第44章 “得拉格
第45章 电脑黑客
第46章 月光下的喷水
第47章 归宿
尾声 没有谜底的结局