密义的意思就是语言之外所含之意，没有明白地讲出来；虽然用语言来表达，但读者却须理解言外之意。本经既称为“解深密”，也就是说，根据本经之所说，就能得到佛言说以外的密意。
印度佛学分为三大流派，即弥勒建立的瑜伽行，以《解深密经》为其根本经典；龙树建立的中观，以《般若经》为其根本经典；文殊建立的瑜伽行中观（亦即如来藏），根本的经是《入楞伽经》及《维摩经》等文殊不二法门的经典。这三系列经典，其实都含密意。
《解深密经》的结集流通是在《般若经》系列经典之后。介乎《般若经》与《解深密经》之间，还有一系列经典是以说“如来藏”为主，即是《胜鬘经》等与不二法门相应的经典。《胜鬘经》系列经典不但为了义，而且还由此开出《解深密经》一系列经典。
《般若经》的主旨是说一切法空，《胜鬘经》一系列经典所说者则是成佛的机理，且将这机理名之为“如来藏”。必须先明白这机理，然后才谈得上怎样成佛。此系列经典既说成佛的机理，当然也便说到成立众生的机理。众生的心识状态恒常受贪瞋痴污染，这种状态即名之为藏识（阿赖耶识）。正由于藏识的作用，才有六道轮回，众生即由是成立。
学佛的人都是众生，佛的本怀在于教导众生如何成佛，因此便须教导学人如何暸解自己的心识，进一步则教导学人如何清净自己的心识，由是便有《解深密经》一系列经典。《解深密经》之所以重要，即正在于能教凡夫如何藉此而修道，从而步入成佛之道。
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